wrappers4emboss. wrappers4emboss permite integrar em Emboss um número de suítes e bancos de dados populares de software BioInformatics.
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wrappers4emboss. Classificação e resumo

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Explosão FASTA. Embarcer Integração Software BioInformatics. fasta banco de dados CLUSTAL

wrappers4emboss. Descrição

WrapperS4emBoss permite integrar sob o relevo um número de suítes e bancos de dados populares de software BioInformatics. wrappers4emboss permite integrar-se em Emboss um número de suites e bancos de dados de Bioinformatics populares, como explosão, FASTA, Clustal, Muscle, Codehop, Prosite, Interpro e alguns serviços da Web EBI selecionados, bem como para usar a Sra. Liberação do WemBoss e também é distribuída como um pacote autônomo para pessoas que executam o relevo na linha de comando. Qual é o novo nesta versão: · O script de instalação foi adaptado para que ele possa funcionar com o Emboss 6.0.0 e o myemboss 6.0.0 . A versão atual do wrappers4emboss deve funcionar bem com todas as versões de relevo de 3.0.0 para 6.0.0. · Para invólucros que podem abrir a saída com um visualizador gráfico em x-window, o script de instalação solicitará se deseja usar esse recurso e só verificará a presença desses espectadores se você disser sim. Isso economiza o esforço para instalar o software que você não precisa. · Um novo módulo ml (máxima verossimilhança) oferece uma interface para os programas PHYML de Stephane Guindon e Olivier Gascuel e ModelGenerator de Thomas Keane. O Wrapper ModelGenerator pode opcionalmente iniciar o phyml no melhor modelo selecionado. Ambos os wrappers podem quando executado em um terminal X abra automaticamente o arquivo de árvore gerado com NJPlot. · O módulo SUPORTE SUPORTE agora, também uma instalação local da MRS como um remoto MRS Server, que será acessado embora os serviços da Web. · O módulo EBI O Web Services foi atualizado com a versão mais recente dos clientes de serviço da Web EBI, que funcionam com a versão mais recente do Soap :: Lite, para que não haja mais necessidade para suportar uma instalação de sabão :: Lite 0.60. · As listas de Bancos de dados no menu de EBI_BLAST e EBI_FASTA a partir do Módulo EBI Services da Web foram atualizados para a situação no servidor EBI em 30 de junho de 2008. · O módulo FASTA foi adaptado para trabalhar com versões de 35.1.6 até 35.3.6. Na lista de opções de programas oferecidas pela FastAsearch O programa defunto Tastea foi removido e os novos programas GGSearch e GLSearch foram adicionados; O menu com matrizes aminoácidos também foi expandido. Para arquivos de fastasearch e fastapid de compatibilidade com verso adaptados às versões 34.26.4 e 34.26.5 ainda estão disponíveis. · A explosão tem um seletor extra que permite ao usuário solicitar o ajuste baseado em composição do cálculo E () para as opções Blastp e Tblastn ( Como é executado por padrão por PSIblast e Phiblast). Além disso, os manuais on-line para o módulo de explosão contêm informações sobre a correspondência permitida / penalidade + combinações de penalidade de gap para ácidos nucleicos. · Quando executado em um X-terminal Clustalnj propõe abrir um arquivo de árvore comum com NJPlot sem arroted e uma árvore Arquivo com valores de bootstrap com NJPlot enraizado. · Se pf_make for executado sem o Shell UNIX, ele envia uma mensagem de aviso "Observe que, se você estiver trabalhando em WemBoss, o arquivo não aparecer na página de saída, mas está em seu projeto.". · Em todos os manuais on-line * .html Os "Argumentos de linha de comando" e as seções "ver também" foram atualizadas para o formato Emboss 4.0.0 / 5.0.0.

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