Lutefiskxp. lutefiskxp é um software compatível com ANSI C usado para realizar o novo sequenciamento peptídico de espectros de massa em tandem.
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Lutefiskxp. Classificação e resumo

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peptídeo Sequenciamento peptídico espectros de massa em tandem sequenciamento tandem

Lutefiskxp. Descrição

O LuteFiskXP é um software compatível com ANSI C usado para realizar o novo sequenciamento peptídico de espectros de massa em tandem. O LuteFiskXP é um software compatível com ANSI C usado para realizar o novo sequenciamento peptídico de espectros de massa em tandem. O Lutefisk é um software para a interpretação de Novo de espectros do Peptide Cid. Os espectros de massa tandem de alta qualidade são frequentemente obtidos para os quais nenhuma correspondência de banco de dados exata pode ser feita.Consequentemente, enfrentamos a questão de saber se a proteína sob investigação é nova, ou se os espectros não correspondentes forem devidos a perspectivas menos emocionantes como variação entre espécies, erros de sequência de banco de dados ou clivagens proteolíticas inesperadas. Para começar a abordar este problema, realizamos uma de NovoWterPletation dos espectros do CID usando o programa de computador lutefisk; No entanto, tais interpretações quase sempre produzem vários candidatos de sequência, onde muitas vezes é difícil ou impossível distinguir a seqüência correta dos incorrectos. As variações entre seqüências candidatas são muitas vezes menores e tipicamente envolvem inversões dipeptídicas, trocando os dipéptidos da mesma massa , substituições de dipéptidos com aminoácidos únicos da mesma massa, e substituições de aminoácidos por dipéptidos da mesma massa. Usamos os vários candidatos de sequência produzidos pelo LuteFisk como sequências de consulta em um segundo programa, cidentificando. Cidentificar é uma versão do Algoritmo FASTA de Bill Pearson modificada por Alex Taylor para acomodar nuances de MS como várias seqüências de consulta, dipéptidos ambíguos e equivalências de massa isobárica.comPiling no UnixAfter Intringer o Arquivo, copie o makefile para o seu sistema para "makefile". Use o comando "make lutefisk ".Usage: LUTEFISK -o = Pathname do arquivo de saída -Q = Modo de silêncio ON (padrão desligado) -m = Massa de íons precursor -d = Detalhes Pathname do arquivo Pathname do arquivo de parâmetros -r = Nome do caminho do arquivo de resíduos = Pathnane de arquivo com seqüências de banco de dados para pontuação -V = modo detalhado (padrão desligado) -h = Imprimir esta ajuda TextWhat New nesta versão: · Makefile atualizado

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