Rdkit. ChemInformatics and Machine Learning Software
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Rdkit. Classificação e resumo

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Rdkit. Descrição

Quimioinformática e Software Aprendizado de Máquina RDKit é uma biblioteca Python com estruturas de dados, algoritmos e scripts para cheminformatics.General Funcionalidade Molecular Entrada / Saída: SMILES, mol, SDF, TDT quimioinformática: - Substructure busca com SMARTS - Canonical SMILES - apoio quiralidade - Fácil de serialização (texto molécula) representação 2D (incluindo representação restrita) Geração de 2D -> 3D via geometria distância implementação UFF para limpar geometrias Impressões Digitais (Daylight-like, chaves MACCS, etc.) Semelhança / diversidade pickingGeneral Molecular funcionalidade, CNTD subgráfico / análise de fragmentos Gasteiger encargos baseada em Forma semelhança alinhamento molécula-molécula transformações moleculares (usando SMARTS) Geral QSAR funcionalidade Molecular biblioteca descritor: - topológica (3, Balaban J, etc.) - estado eletrotopológico (Estate) - ClogP, MR - MOE como descritores VSA - outros Aprendizagem: - Clustering - árvores de decisão, naive Bayes *, kNN * * funcional, mas não uma grande implementação - ensacamento, aleatório florestas - Infra-estrutura: divisão de dados baralhar classificação serializável modelos fora-de-bag parcelas de enriquecimento, Exibição, Ferramentas etc.Command linha ML / BuildComposite.py: modelos de construção ML / ScreenComposite.py: modelos de tela ML /EnrichPlot.py: gerar dados de enredo de enriquecimento ML / AnalyzeComposite.py: analisar modelos (níveis descritor) Chem / impressões digitais / FingerprintMols.py: gerar 2D impressões digitais Chem / BuildFragmentCatalog.py: análise do tipo caixa com um catálogo de Necessidades hierárquicas : · Pitão O que há de novo nesta versão: · A estrutura de diretório da distribuição foi alterado de modo a instalação make dos módulos python RDKit mais simples. Especificamente o diretório $ RDBASE / Python foi renomeada para $ RDBASE / rdkit eo código Python agora espera que US $ RDBASE está na sua PYTHONPATH. Ao importar módulos RDKit Python, deve agora fazer: "a partir rdkit importação Chem" em vez de "importação Chem". código antigo continuará a trabalhar se você também adicionar $ RDBASE / rdkit ao seu PYTHONPATH, mas sugere-se fortemente que você atualize seus scripts para refletir a nova organização. · Para programadores C ++: Há uma alteração não compatíveis para trás na maneira como os átomos e ligações são armazenados em moléculas. Veja o * Outra seção * para mais detalhes. Reconhecimentos · Kirk DeLisle, Noel O'Boyle, Andrew Dalke, Peter Gedeck, Armin Widmer Correções de bugs · Manuseamento incorrecto de 0s como dígitos de fecho do anel (questões 2525792, e 2690982) · Manuseamento incorrecto de átomos com Hs explícitas em reacções (questão 2540021) · SmilesMolSupplier.GetItemText () falha (edição 2632960) · O manuseio incorreto de separações ponto em SMARTS reacção (edição 2690530) · Linhas de carga Bad em blocos mol para moléculas grandes (questão 2692246) · Dependência Ordem em AssignAtomChiralTagsFromStructure (edição 2705543) · Dependência Order no código farmacóforo 2D · Os LayeredFingerprints agora lidar com ligações de anel simples não aromáticos entre átomos aromáticos correctamente. Novas características · BRICS implementação · Implementação Morgan / impressões digitais circulares · O código farmacóforo 2D agora usa arquivos RDKit FDEF padrão. · Informações Atom paridade na CTABs agora escrito e lido. Se presente em leitura, bandeiras átomo de paridade são armazenados na propriedade atômica "molParity". · Um argumento opcional "fromAtoms" foi adicionada para os pares de átomos e impressões digitais de torção topológicos. Se este é fornecida, apenas pares de átomos, incluindo os átomos especificados, ou torções que quer iniciar ou terminar os átomos especificados, será incluído na impressão digital. · Kekulization agora é opcional ao gerar CTABs. Uma vez que a especificação MDL sugere que as ligações aromáticas não ser usado, este destina-se principalmente para fins de depuração. · O removeStereochemistry () (RemoveStereoChemistry () a partir do Python) função foi adicionado para remover todas as informações estereoquica de uma molécula. De outros · A funcionalidade GUI baseada em Qt3 em $ RDBASE / rdkit / qtGui e US $ RDBASE / Projetos / SDView está obsoleta. Ele ainda deve funcionar, mas será removido em uma versão futura. Por favor, não construir nada de novo no quadro deste (muito antigo e chia). · O DaylightFingerprintMol function () é agora obsoleta, uso RDKFingerprintMol () em vez. · Para programadores C ++: os métodos romol getatompmap () e getbondpmap () foram removidos. As próprias moléculas agora suportam um método de operador [] () que podem ser usados para converter iteradores de gráficos (por exemplo, Romol: Edge_iterator, Romol :: Vertex_iterator, Romol :: adjacency_iterator) para os átomos e obrigações correspondentes. API nova por looping sobre os laços de um átomo: ... Molptr é um constromol * ... ... ... Romol :: Oedge_iter Beg, final; Boost :: gravata (implorar, final) = molptr-> Getatombonds (AtomThtr); enquanto (implorar! = final) {const bond_sptr Bond = (* molptr) ; ... fazer algo com o vínculo ... ++ implorar; } Nova API para looping sobre os átomos de um molécula: ... mol é um romol ... Romol :: Vertex_iter Atbegin, ATend; Boost :: gravata (atbegin, atend) = mol.getVirtices (); enquanto (atbegin! = ATend) {Atom_sptr at2 = mol ; ... fazer algo com o Atom ... ++ atbegin; }

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