Indelextractor. IndelExtractor é um aplicativo que gera diferentes máscaras de alinhamento, além de uma máscara de Indel.
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Indelextractor. Classificação e resumo

Indelextractor. Tag

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Indelextractor. Descrição

IndellExtractor é uma aplicação que gera diferentes máscaras de alinhamento, além de uma máscara de Indel. Um alinhamento de sequência molecular é a base da análise filogenética molecular, mas muitas vezes é um dos aspectos menos considerados. Os alinhamentos geralmente contêm posições que são difíceis de alinhar (ou seja, as regiões da Índel), que podem ser "editadas pelo olho" ou removidas antes da análise.Indelextractor é uma aplicação da GUI e linha de comando escrita em Perl que gera várias máscaras de alinhamento, além de Máscara da Índel para facilitar a identificação e remoção de indels e seu alinhamento ambíguo circundante. As máscaras de alinhamento são usadas para salvar as posições "mascaradas" e / ou "desmascaradas" de um alinhamento para muitos formatos de arquivo diferentes.IndeLextractor utiliza a energia do BioPerl para lidar com muitos formatos de arquivo de entrada / saída de alinhamento e manipulação de seqüência geral e manipulação de seqüência geral . Como resultado do poderoso formato de formato do IndelExtractor; Você pode usá-lo simplesmente para conversões de formato de arquivo de sequência e alinhamento! Aqui estão algumas principais características de "indelextractor": · Formatos de entrada / saída · Indelextractor utiliza a energia do bioperl para lidar com muitos formatos de entrada / saída de entrada / saída de alinhamento e para sequência geral manuseio e manipulação. Portanto, muitos formatos de seqüência e alinhamento são suportados e são reconhecidos por extensões de arquivo. Os arquivos devem ter uma extensão de arquivo compatível para que o Indelextractor possa determinar com precisão o formato de arquivo correto. · Máscaras de alinhamento · Indellextractor foi inicialmente desenvolvido para ajudar a automatizar a tarefa da identificação e remoção da Indel. Para isso, a máscara da Indel foi desenvolvida, em que cada posição no alinhamento foi realizada por um personagem em uma seqüência de estilo consenso para identificar posições que formaram parte de uma indel (regiões mascaradas) e as regiões desmascaradas). No entanto, máscaras adicionais estão agora disponíveis: invariável, variáveis e máscaras de consenso. Uma vez que uma máscara foi gerada, ela pode ser usada para salvar sub-alinhamentos (posições mascaradas / desmascaradas) para arquivar ou como informações adicionais nos formatos de alinhamento mais ricos em informações (por exemplo, Nexus) ao salvar todo o alinhamento ao arquivo. · Recursos auxiliares · O conjunto de recursos do IndelExtractor foi estendido para permitir que o alinhamento de sequências usando Clustalw seja realizado de dentro do Indelextractor e a capacidade de explodir sequências contra os bancos de dados do NCBI; opções para ambos estarem disponíveis via preferências do Indelextractor.

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