ProteInshop. ProteInshop é uma ferramenta interativa para manipular estruturas de proteína.
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ProteInshop. Classificação e resumo

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manipulação proteína ferramenta interativa bioinformática Aplicação Bio-informática manipulador proteína

ProteInshop. Descrição

ProteInshop é uma ferramenta interativa para manipular estruturas de proteína. ProteInshop é uma ferramenta interativa para manipular estruturas de proteína. Ele foi projetado para criar rapidamente um conjunto de configurações de proteína usando conhecimento humano e intuição. Essas configurações podem ser submetidas a otimização local ou global. Embora o ProteInShop não execute o próprio processo de otimização global, ele fornece uma estrutura que pode ser usada para interagir com um processo de otimização global que pode estar em execução em uma máquina remota.ProteInshop apresenta três níveis de funcionalidadeLevel i: exibir uma estrutura de proteína 3D · Criar Uma proteína 3D "do zero", ou seja, um aminoácido de cada vez, de uma sequência de aminoácidos e previsões de estrutura secundária. · Carregar uma estrutura de proteína 3D de um arquivo PDB. · Fornecer técnicas de visualização padrão, como esfera atômica, e renderização dos desenhos animados.Level II: manipulação interativa da estrutura de proteína 3D, alterando os ângulos diédricos ao longo de sua backbone · Alinhamento manual de estrutura secundária arrastando estruturas secundárias selecionadas (alpha-hélices e beta-fios). · Mude a forma de beta-fios permitindo torcer, curling e plissagem. · Formar folhas beta paralelas / antiparelelas automaticamente. · Salvar / carregar fragmentos da proteína para reutilização em outra configuração s. · Ajudar a alinhar as estruturas secundárias a formar estruturas terciárias, fornecendo guias de visualização e marcadores como a visualização de uma colisão de hidrogênio e a colisão do átomo. · Alterar tipos de estrutura secundária para aminoácidos selecionados "on-the-fly" para experimentar fraco ou conflitante Previsões de estrutura. · Avaliar a energia de uma estrutura de proteína 3D usando o código de computação energética fornecido externamente. · Visualizar Energy Calculado.LEVEL III: Monitor / Steer A (Remote) Otimização global · Conectar-se a / Desconectar de um processo de otimização global. · Baixar Configurações de candidatos a partir de um processo de otimização. · Carregar configurações manipuladas para o processo de otimização. · Monitorar o processo de otimização, baixando Árvore inteira de configurações.here são algumas principais características de "ProteInshop": · Ajuda os pesquisadores a gerar estruturas terciárias a partir de sequência e previsões de estrutura secundária. Disponível a partir de servidores de previsão acessíveis através da Internet. · Ele e Nabes cientistas aplicarem seu conhecimento bioquímico e intuição durante a manipulação interativa de estruturas de proteína. · Ele fornece visualização de energia livre computada durante a modelagem para facilitar a comparação e análise de estruturas alternativas. · Acelera a descoberta de configurações de baixa energia, aplicando as otimizações locais para Estruturas de proteína selecionadas pelo usuário. · Ele cria automaticamente uma variedade de configurações beta com base nas probabilidades de topologias de chapas beta e alinhamentos correspondentes.Requirements: · OpenGL ou GL para renderização 3-D · FLTK for GUI · Amber for Energy ComputationInstallation: Use makefiles padrão Incluído no diretório SRC.Go para o diretório "src", em seguida, digite 'make' para construir proteenshop. *** A configuração FLTK no compilador MakeFileethe espera incluir arquivos abaixo de $ (FLTK_BASE) / $ (Incdir), bibliotecas sob $ (fltk_base) / $ (libdir) e quaisquer ferramentas de compilação necessárias em (FLTK_BASE) / $ (Binter). Se você tiver uma configuração diferente, precisará editar as bandeiras do compilador abaixo.FLTK_BASE = / usr / localon Algumas instalações, as funções Fltk OpenGL estão em um separatelibrary, libfltk_gl. Se o vinculador se queixar de undefinedsymbols, tente adicionar -lfltk_gl à linha abaixo antes de -lfltk.fltk_libs = -l $ (fltk_base) / $ (libdir) -lfltk_gl -lfltk

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