simbio. Simbio é um pacote java para criar modelos biológicos para biólogo e outros.
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simbio. Classificação e resumo

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Aplicação Java. Célula modelagem modelo biológico célula cardíaca Cardíaco

simbio. Descrição

Simbio é um pacote java para criar modelos biológicos para biólogo e outros. Simbio é um pacote java para criar modelos biológicos para biólogo e outros. Os modelos de células cardíacas estão disponíveis.Simbio é um simulador para sistemas biológicos, como células cardíacas, células epiteliais e células pancreáticas. O Simbio é escrito em Java, usa XML e pode resolver equações diferenciais comuns. No campo da biologia médica, os extensos resultados de pesquisa sobre funções de nível molecular e celular foram acumulados, mas os mecanismos dessas funções de células complexas não podem ser explicados quantitativamente. Devido a esse fato, um modelo dinâmico quantitativo que pode integrar dados experimentais e reproduzir mecanismos biológicos em computadores é importante. Desenvolvemos Simbio para ter uma ferramenta para uma fácil criação de modelos celulares que empregam princípios orientados a objetos. Em Simbio, modelos matemáticos, como um modelo miócito descrito, utilizando equações diferenciais comuns são divididos em elementos de função, como canais de íons e variáveis, como concentrações de íons. Nesta nova maneira de desenvolver modelos celulares, os elementos de função são igualmente independentes e podem ser agrupados de acordo com as classificações biológicas. Além disso, as correlações de variáveis e elementos de função podem ser descritas como um gráfico. O objetivo é uma ferramenta com a qual várias funções celulares e mecanismos baseados nos resultados experimentais podem ser facilmente combinados para uma estrutura celular mais complexa ou até mesmo uma célula inteira que é adequada para explorar novas hipóteses.Simbio é uma ferramenta para facilitar a construção modelos de organismos celulares e para promover o compartilhamento / reutilização de modelos. Ele fornece os recursos necessários para criar modelos que usam equações diferenciais comuns e modelos matemáticos, fazem cálculo integral, exibem gráficos de resultado, extrair resultados para arquivos, alterar parâmetros e fazer cálculos. A estrutura do Simbio é dividida em 3 elementos principais. O primeiro descreve cálculos de modelos matemáticos com Java. O segundo descreve os valores iniciais de parâmetros e a estrutura de modelos matemáticos com arquivos XML. O terceiro resolve os problemas iniciais de valor das equações diferenciais comuns com um mecanismo de integração. Requisitos: · JDK 1.4 ou posterior · Log4j. · Xalan versão 2.7.0

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