SEQ-Gen.

SEQ-Gen é um software que simulará a evolução das sequências de nucleotídeos ou aminoácidos ao longo de uma filogenia.
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SEQ-Gen. Classificação e resumo

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  • Nome do editor:
  • Andrew Rambaut
  • Site do editor:
  • http://tree.bio.ed.ac.uk/software/treestat/

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SEQ-Gen. Descrição

A SEQ-Gen é um software que simulará a evolução das sequências de nucleotídeos ou aminoácidos ao longo de uma filogenia. A SEQ-Gen é um software que simulará a evolução dos aminoácidos ou sequências nucleotídicas ao longo de uma filogenia, utilizando modelos comuns do processo de substituição. Uma variedade de modelos de evolução molecular é implementada, incluindo o modelo general reversível. As freqüências de estado e outros parâmetros do modelo podem ser dadas e a taxa de taxa específica do local também pode ser incorporada de várias maneiras. Qualquer número de árvores pode ser lido e o programa produzirá qualquer número de conjuntos de dados para cada árvore. Assim, grandes conjuntos de simulações de replicadas podem ser facilmente criadas. Ele foi projetado para ser um simulador de uso geral que incorpora a maioria dos modelos comumente usados (e computacionalmente tractable) de sequência molecular evolução. Qual é o novo nesta versão: bugs corrigidos: · O PAM (Dayhoff) e matrizes Blosum foram intercambiadas para especificar um resultaria no outro sendo usado em vez disso.


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