QTL Reaper. QTL Reaper é o software para digitalizar rapidamente dados de expressão de microarray para QTLs.
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QTL Reaper. Classificação e resumo

QTL Reaper. Tag

bioinformática. MicroArray Calculadora QTL. scanner de microarray Aplicação Bioinformática Qtl.

QTL Reaper. Descrição

O QTL Reaper é um software para digitalizar rapidamente dados de expressão de microarray para QTLs. O QTL Reaper é software, escrito em C e compilado como um módulo Python, para digitalizar rapidamente dados de expressão de microarray para QTLs. É essencialmente a versão orientada para o lote do WebQTL. Requer, como entrada, dados de expressão de membros de um conjunto de linhas ingressas recombinantes e informações genótiadas para as mesmas linhas. Ele procura por uma associação entre cada traço de expressão e todos os genótipos e avalia essa associação por um teste de permutação. Para o teste de permutação, ele realiza apenas quantas permutações são necessárias para definir o valor P empírico para uma precisão razoável. Também realiza a reamplagem do Bootstrap para estimar a região de confiança para a localização de um QTL putativo. Requisitos: · Python · BLAs Biblioteca · Lapack LibraryInstalação: Primeiro Gunzip e descontar o arquivo de pacote. Digite o módulo qtlreaper directory para compilar: python setup.py build você também pode modificar o script setup.py se o sistema não tiver o blas e a biblioteca de lapack instaladas e quiser usar os incluídos neste pacote. Para instalar QTLreaper Módulo, Executar: Python Setup.py Instalar O que há de novo nesta versão: · Aumentar o máximo de locus em um único cromossomo de 200 a 500 · Novo código para calcular marcadores ausentes

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