Microarray explorer. MicroArray Explorer (Maexplorer) é uma instalação de mineração de dados baseada em Java para bancos de dados de microarray de cDNA ou oligonucleiotide.
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Microarray explorer. Classificação e resumo

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Explorando MicroArray microarray explorer instalação de mineração de dados bancos de dados MicroArray.

Microarray explorer. Descrição

O MicroArray Explorer (Maexplorer) é uma instalação de mineração de dados baseada em Java para bancos de dados de microarray de cDNA ou oligonucleiotas. O MicroArray Explorer (Maexplorer) é uma instalação de mineração de dados baseada em Java para bancos de dados de microarray de cDNA ou oligonucleiotas. Seu ambiente de análise de dados exploratórios fornece ferramentas para a mineração de dados de perfis de expressão quantitativa em vários microarrays.MicolarArray Os dados podem ser visualizados e diretamente manipulados em pseudoimages de matriz, gráficos de dispersão, histogramas, parcelas de perfil de expressão, análises de cluster (genes semelhantes, k-meios similares ou k-median, agrupamento hierárquico, etc.) e relatórios. Um recurso chave é os filtros de dados genéticos para restringir um conjunto de genes de trabalho para aqueles que passam uma variedade de testes e condições especificados pelo usuário. Os relatórios podem ser gerados com acesso à Web do Hypertext a bancos de dados genômicos, como banco de dados Unigene, Genbank, DBEST, LocusLink, Imagem, NCI / Cit MyB MicroArray e outros bancos de dados da Internet para conjuntos de genes encontrados para serem de interesse. Um foco principal desta ferramenta é Mineração de dados interativos com acesso a outros bancos de dados genômicos da Web de suporte. A ênfase na manipulação direta de genes e conjuntos de genes em gráficos e tabelas fornece um alto nível de interação com os dados que tornam mais fácil para os investigadores testarem os padrões. Aqui estão algumas características principais do "MicroArray Explorer": · Análises de dados (após arrays foram digitalizadas e manchas quantificadas) · Lida com várias amostras de matriz de cDNA ou oligo com manchas de replicadas · Gerencia as amostras replicadas, denominadas conjuntos de amostras e listas de conjuntos de condição · Gerencia assinaturas nomeadas de genes · Lida com intensidade ou proporção (CY3 / CY5) Dados de matriz quantificados · Analisa dados para perfis de expressão de 2 condições e n-condicionamento, incluindo ANOVA em qualquer número de condições de replicadas amostras · Conjuntos de genes de filtros de dados por estatísticas, cluster, associação de conjunto de genes · Fornece manipulação direta de dados em gráficos, planilhas e gerenciamento de amostras · Acessa os servidores da Web genômicos de parcelas e relatórios · Converte seus dados usando o Assistente de conversão de dados CVT2MAE · Ambos maexplorer e cvt2mae estão escritos em Java para portabilidade com os instaladores do download, facilitando a execução em qualquer sistema · Os usuários podem atualizar esses programas, uma vez instalados, baixando apenas o (s) arquivo (s) Java JAR usando comandos de atualização.

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