HapCluster ++ HapCluster ++ é um pacote de software para mapeamento de desequilíbrio do vínculo usando a teoria coalescente.
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HapCluster ++ Classificação e resumo

HapCluster ++ Tag

Linkage. Implementação C ++. desequilíbrio de ligação mapeador de genes. Hapcluster ++ desequilíbrio

HapCluster ++ Descrição

O HapCluster ++ é um pacote de software para mapeamento de desequilíbrio de ligação usando a teoria coalescente. O HapCluster ++ é um pacote de software para o mapeamento de desequilíbrio do vínculo usando a teoria do coalescente.HapCluster ++ é baseado em um método Bayesian Markov-Chain Monte Carlo (MCMC) para o mapeamento do gene do desequilíbrio de liquidação de fino usando mapas de marcadores de alta densidade. O C ++ é uma implementação C ++ O método descrito no papel abaixo (a implementação original foi em R) .Instalação: o HapCluster ++ é escrito em C ++ e está disponível como código-fonte (sob a Licença Pública Geral GNU, GPL) e como versões binárias como arquivos Linux RPM. O código-fonte foi compilado com sucesso em vários sistemas Linux e Unix. Como eu tenho apenas acesso limitado a arquiteturas que não o Linux, não é possível para mim fazer distribuições binárias para outras plataformas, mas se alguém estiver disposto a construir as distribuições, ficarei mais do que feliz em colocá-los neste site. Os arquivos de origem, primeiro descompactar e descontar o arquivo e, em seguida, executar 'configurar' e finalmente 'fazer'. Para testar que a compilação foi bem sucedida, execute "fazer cheque". Para instalar o programa, execute 'Make Install'. $ tar zxf hapcluster-version.tar.gz $ CD HapCluster-Versão $ ./configure $ Faça $ fazer $ fazer $ Fazer InstallUSage: o HapCluster ++ é iniciado na linha de comando, levando como entrada um arquivo contendo posições de marcador e um arquivo contendo haplótipos contendo fases : $ hapcluster positions.txt haplotypes.txt o formato do arquivo HAPLotype é: uma linha por haplótipo, onde um haplótipo é representado como uma lista de alelos separados por espaço, e cada alelo representado como um '0' ou a '1 . Os haplótipos são tomados como genótipos em pares, portanto, para números J As linhas J e J + 1 são tomadas como os haplótipos para o indivíduo J / 2. A primeira coluna é uma 'pseudo'-allee usada para a dicotomia de caso / controle: a' 0 'na primeira coluna é tomada para significar que o HaPlotype é um haplótipo de controle e um' 1 'na primeira coluna é tomada para significar que o HaPlotype é um caso haplótipo. Quando executado, o programa produz amostras da densidade posterior de loci da doença. Essas amostras podem ser analisadas em outros pacotes de software, como e. R. Por padrão, as amostras do locus da doença é escrita para o padrão out, mas isso pode ser alterado para um arquivo usando a opção -O - Isso é especialmente recomendado ao executar o HapCluster no modo detalhado (opção -V). Execute HapCluster --Help Para obter uma lista completa de opções de linha de comando aceita por HapCluster.O que é novo nesta versão: · Esta versão é uma porta para o formato SNPFile versão 2.0.

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