Byodyn. Uma ferramenta integrativa para a biologia dos sistemas.
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Byodyn. Classificação e resumo

Byodyn. Tag

biologia Biologia dos Sistemas bioinformática instrução assistida por computador Cai.

Byodyn. Descrição

Uma ferramenta integrativa para a biologia dos sistemas. O software ByOdyn é uma ferramenta integrativa para o pacote de Biologia de Sistemas.Software para a análise de paisagens de Paratemer em redes biológicas. A biologia de sistemas está se tornando uma tarefa rotineira para construir modelos de complexidade crescente em uma determinada rede bioquímica ou via de interesse. Um dos principais problemas na construção desses modelos é a determinação dos parâmetros subjacentes a cada processo modelado. O BYOYNN foi projetado para fornecer uma estrutura computacional facilmente extensível para estimar e analisar os parâmetros em modelos altamente não caracterizados.Byodyn inclui um conjunto de ferramentas para 1) integrar equações diferenciais comuns (ODES), incluindo sistemas com eventos, regras (equações algébricas diferenciais, DAE ) e atrasos construídos a partir de um determinado modelo biológico; 2) otimizar globalmente os parâmetros que se adequam às informações experimentais fornecidas e avaliar a sensibilidade do modelo em relação aos diferentes parâmetros; e 3) incluem a sensibilidade dos parâmetros em um ótimo gasoduto experimental. O programa faz uso de software externo, fornecendo um esquema de ligação Python que permite ao usuário implementar facilmente novos softwares no protocolo de cálculo desejado. O programa se beneficia de sua interface com a biblioteca SBML, que garante que a comunicação com outras ferramentas existentes no campo.Byodyn (lançada sob o GPL) seja um programa baseado em Python construído em cima de várias bibliotecas de código aberto, Port Fortran, Scipy e Libsbml, E fornece ligações fáceis para openmodelica e oitava. O programa foi testado no Linux Fedora e nas plataformas Mac OS X, tendo sido paralelizado em um ambiente de grade LSF de plataforma e em um sistema de agendamento de SLURM + MOAB. O Código BYOYNN e a documentação completa estão disponíveis em http://cbbl.imim.es/byodyn. O que há de novo nesta versão: · A tabela sobre requisitos e capacidades relação (Tabela 1) no InstallingGuide teve alguns erros. · Corrigido um bug no script Criar documentação, as referências não foram levadas em conta. · As figuras MatPlotlib mostram a lenda do quadro para maior clareza. · A resolução de figuras MatPlotlib foi definida para 1200 dpi que os tornava muito grandes. O valor padrão é 80 dpi que será usado a partir de agora. · Uma nova funcionalidade chamada "RoadTargets" implementada em ByOdyn. Ele avalia o valor a identificação associada a cada ponto de destino. · As figuras para documentação estão no formato PNG agora para reduzir o tamanho do diretório. · Nova implementação para figuras de design experimental ideal. A informação do "AddNewPoint" é plotada como espectros. · Os resultados do design experimental ideais são mostrados na escala logarítmica. · Escala como caixas de cor adicionadas às parcelas de matriz. · Corrigido o erro sobre guardar gráficos depois de salvar as figuras da matlotlib. · Adicionando escala de cores para gráficos experimentais ideais de destino. · Corrigido o erro quando estiver salvando o SBML com os resultados da otimização.

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