Workbench de biologia de sistemas Systems Biology Workbench (SBW) é uma estrutura simples para intercomunicações de aplicação.
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aplicativo biologia Biologia Workbench estrutura bio-informática Intercomunications.

Workbench de biologia de sistemas Descrição

Systems Biology Workbench (SBW) é um quadro simples para intercomunicações de aplicação. Systems Biology Workbench (SBW) é um quadro simples para intercomunicações de aplicação. O projeto usa uma arquitetura de passagem de mensagens, distribuídas pelo corretor, suporta muitas línguas, incluindo Java, C, Perl e Python, e é executado em Linux, OSX e Win32.Que é SBWresearchers em sistemas quantitativos Biologia faz uso de um grande número de Diferentes pacotes de software para modelagem, análise, visualização e manipulação geral de dados. O Systems Biology Workbench (SBW), é uma estrutura de software que permite componentes de aplicativos heterogêneos - escritos em diversas linguagens de programação e em execução em diferentes plataformas - para comunicar e usar os recursos uns dos outros por meio de um sistema de mensagens codificadas binárias rápidas. Nosso objetivo foi criar uma infraestrutura de software simples e de alto desempenho, fácil de implementar e entender. O SBW permite aplicações (potencialmente em execução em computadores separados, distribuídos) para se comunicar por meio de um protocolo de rede simples. As interfaces para o sistema são encapsuladas em bibliotecas do lado do cliente que oferecemos diferentes idiomas de programação. Na última contagem, havia mais de 75 pacotes diferentes para simular redes celulares (consulte www.sbml.org). Essa proliferação de ferramentas resultou em uma variedade de capacidades e interfaces. Embora seja bem-vindo em muitos aspectos, esta proliferação resultou em dois efeitos colaterais indesejados: 1. Cada ferramenta usa seu próprio formato, muitas vezes indocumentada, para armazenar modelos. O resultado é que um modelo salvo em uma ferramenta não pode ser carregado em outro. Isso obviamente dificulta a troca livre de modelos de uma ferramenta para outra. O segundo problema é que muitas das ferramentas duplicam as capacidades do outro. Escrever ferramentas de simulação leva tempo, e muitos dos projetos são de curta duração, o que significa que os autores são incapazes de desenvolver as ferramentas muito longe. Como resultado, muitas das ferramentas fornecem funcionalidade semelhante. Ao contrário de outras comunidades de desenvolvimento de software, há pouca tradição de reutilização de código na comunidade de biologia do sistema. Como resultado, a comunidade viu muito esforço duplicado.Model intercâmbio o primeiro problema, o da troca de modelos, foi abordado pela introdução de um formato padrão para todos os escritores de ferramentas para empregar. Este padrão é chamado de linguagem de marcação de biologia de sistemas (SBML) junto com Cellml (www.cellml.org), a introdução de um formato padrão está começando a causar um impacto significativo nos escritores de ferramentas, e a maioria das ferramentas mais usadas agora empregam agora SBML como meio de trocar modelos.Code Reutilizar A segunda questão é mais difícil de resolver, ou seja, incentivar a reutilização de código na comunidade. Nossa tentativa de resolver isso foi desenvolver uma estrutura de software chamada The System Biology Workbench. A bancada de trabalho permite diferentes ferramentas para expor a funcionalidade programática a outras ferramentas. Isso significa que um desenvolvedor agora pode construir no trabalho anterior sem ter que entender em detalhes o intrincado funcionamento interno de outras ferramentas. Todo o desenvolvedor precisa saber é a interface que a ferramenta expõe. Assim, uma ferramenta específica pode expor uma interface de simulação dependente de tempo de uma ferramenta de simulação, outro desenvolvedor de ferramentas - em vez de inventar outra ferramenta de simulação - pode explorar essa capacidade e desenvolver uma nova ferramenta que possa realizar funções adicionais. A carga de trabalho para o segundo desenvolvedor é bastante reduzida, e eles podem se concentrar em novas funcionalidades. Este trabalho é atualmente suportado através do generoso apoio de Darpa e do DOE.

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