Workbench de biologia de sistemas Framework livre, open e simples para aplicação inter-comunicações
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Workbench de biologia de sistemas Classificação e resumo

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Workbench de biologia de sistemas Descrição

Livre, de código aberto e estrutura simples para inter-comunicação de aplicativos Biologia de Sistemas Workbench (SBW), é uma estrutura de software que permite que os componentes de aplicativos heterogêneos -written em diversas linguagens de programação e execução em platforms- diferente para se comunicar e utilizar as capacidades uns dos outros por meio de um sistema de mensagem codificada rápido binário. objetivo Biologia de Sistemas do Workbench é criar um simples e de alto desempenho, infra-estrutura de software open-source que é fácil de implementar e entender. SBW permite que os aplicativos (potencialmente executado em, computadores distribuídos em separado) para se comunicar através de um simples protocolo de rede. As interfaces para o sistema são encapsulados em bibliotecas do lado do cliente que nós fornecemos para programação diferente languages.SBW consiste em dois componentes, um corretor para o encaminhamento de mensagens e módulos que enviam e recebem mensagens. Todas as conexões entre os módulos e um corretor são através de soquetes TCP / IP padrão. Todas as mensagens são transmitidas em um formato binário para máxima performance.If uma mensagem precisa ser enviada entre dois computadores diferentes, em seguida, as mensagens são enviadas primeiro para o corretor na máquina remota, esta em vias de volta a mensagem para os module.Modules remoto correto podem ser escritos em uma variedade de línguas, incluindo, C / C, Java, Perl, Python, Delphi, e Matlab.NOTE: SBW é liberado sob a licença BSD. O que há de novo nesta versão: Análise de conservação: · Ferramenta de análise de conservação reescreveu, produzindo melhor desempenho e confiabilidade módulo CLAPACK: · Módulo reescreveu CLAPACK para melhor desempenho e confiabilidade C # Inspector: · Permitido entrar matrizes complexas especificando números complexos usando o formato: '(' '+' ')' · Melhorias com roteamento exceção e otimização de UI StructAnalysis UI: · Pequenas correções para lidar com SBML inválido Jarnac: · Manuseio região fixa de números · Permitir carregamento de SBML diretamente no editor com auto tradução de Jarnac. · Função fatia Adicionado (matriz, lowerIndex, UpperIndex) para torná-lo easly para linhas extact de uma matriz. função · Adicionado Timeslice (m, lowerTime, upperTime), esta foi adicionada para suportar as novas funções de simulação estocástica e permite a um utilizador para extrair dados a partir de uma simulação estocástica entre dois pontos de tempo. Os dados devem ser gerados a partir de qualquer uma das chamadas simulação gillXXX. A função de supor que a primeira coluna de dados é a variável de tempo. · Adicionado uma série de novas funções para chamar o módulo GillDM na SBW. Isto permite · Acesso a uma obrigação mais rápido e totalmente testada simulador estocástico, novos métodos incluem: gillLoadSBML (sbmlstr): por exemplo gillLoadSBML (p.xml) gillSimulate (startTime, endTime, periodSize): período definido aproveitar a um para obter todos os dados gillSimulateOnGrid (startTime, . endTime GridSize) gillSimulateMeanOnGrid (startTime, endTime, GridSize, tamanho da população): simula uma população de corridas em uma grade e retorna a trajetória média. gillSimulateMeanAndSDOnGrid (startTime, endTime, GridSize, tamanho da população): igual ao anterior, excepto que também retorna o desvio padrão ao longo do tempo para cada espécie. setseed (semente): definir o número aleatório de sementes, permite que corre para ser repetida exactamente. (Semente deve ser um valor inteiro). Corrigido um erro no acesso ao menu de SBW. · Função pdf Adicionado (m). Isto irá calcular a função de densidade de probabilidade para o vector de dados fornecidos na função. · Adicionado graphHist (m) Este é o mesmo que o gráfico representa graficamente mas em vez disso um histograma, em vez de um gráfico de linhas.

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