Mmtk. Uma biblioteca para simulações moleculares com foco em sistemas biomoleculares
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Mmtk. Classificação e resumo

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Mmtk. Descrição

Uma biblioteca para simulações moleculares com foco em sistemas biomoleculares O Toolkit de Modelagem Molecular (MMTK) é uma biblioteca de programas de código aberto gratuitamente para aplicações de simulação molecular. Além de fornecer implementações prontas a usar de algoritmos padrão, o MMTK serve como uma base de código que pode ser facilmente estendida e modificada para lidar com problemas padrão e não padrão em simulações moleculares. Os três padrões de uso mais comuns de MMTK são Escrevendo scripts Python que utilizam funções MMTK para aplicativos de simulação e modelagem padrão. Isso é semelhante ao uso de outros pacotes de simulação com uma linguagem de script (i.e. charmm ou gromos), mas com a vantagem adicional de ter acesso a muitos módulos úteis de python de outros lugares. A seção de exemplo mostra como esses scripts se parecem. · Módulos de escrita que interagem estreitamente com MMTK (e talvez outros pacotes) para resolver problemas para os quais não existe solução padrão. Por exemplo, adicionando um determinado termo de campo de força ou um algoritmo específico de simulação ou análise. Não há muita concorrência para o MMTK nesse domínio. · Escrever programas de aplicação em Python que usam MMTK internamente, para usuários que não precisam saber nada sobre tais internos. Esses programas podem fornecer interfaces gráficas fáceis de usar (consulte E.g. DomainFinder e Nmoldyn) ou ser integrado em um serviço da Web (consulte o webnm @). O MMTK é desenvolvido em e em torno de Python, uma linguagem de programação de propósito geral orientado a objetos de alto nível. De fato, o MMTK consiste em nada mais do que uma coleção de módulos de Python, a maioria das quais escritas no próprio Python, com apenas uma pequena parte crítica de tempo (por exemplo, avaliação de energia) escrita em aplicativos C. MMTK são programas de Python que fazem uso desses módulos. O Python foi escolhido porque permite o desenvolvimento e teste rápido de código, proporcionando uma interface C muito conveniente para lidar com cálculos críticos de tempo. MMTK é baseado em um modelo orientado a objetos de sistemas moleculares. Um sistema é composto de átomos, moléculas e complexos, todos definidos no banco de dados químico do MMTK. Uma molécula, por exemplo, é definida em termos de átomos, o parâmetro de campo de força é possível introduzir versões especializadas desses objetos; Por exemplo, o MMTK tem suporte especial para proteínas, que são basicamente complexos químicos, mas podem ser manuseados em termos de cadeias peptídicas, resíduos, sidechins, etc.Comparados para o código de modelagem padrão escrito em Fortran, o MMTK é muito mais fácil de entender, estender e modificar. Por exemplo, novos campos de força podem ser adicionados sem tocar em qualquer código existente, ou seja, sem qualquer risco de quebrá-lo, e novos integradores podem ser desenvolvidos sem quaisquer suposições sobre implementações de campo de força. Os usuários do MMTK também podem lucrar com uma grande coleção de código Python desenvolvido para outros aplicativos, científicos ou de outra forma. Aqui estão algumas características principais de "MMTK": · Construção de sistemas moleculares, com apoio especial para proteínas e ácidos nucleicos · Sistemas infinitos ou condições de limite periódico (células elementares ortorrômbicas) · Operações geométricas comuns em coordenadas · Rígido-corpo se encaixa · Visualização usando os espectadores PDB externos e VRML; Animação de trajetórias dinâmicas e modos normais · O campo de força âmbar 94, com várias opções para lidar com interações eletrostáticas · Um campo de força de deformação para cálculos de modo normal rápidos em proteínas · Minimização de energia (descida íngreme e gradiente conjugado) · Dinâmica molecular (com termostato opcional, barostato e restrições de distância) · Análise de modo normal · Operações de trajetória · Ponto de carga se encaixa · Cálculos de superfície molecular · Interfaces para outros programas Requisitos: · Scientificpython. · Pitão

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