DomainFinder. Um programa interativo para a determinação e caracterização de domínios dinâmicos em proteínas
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DomainFinder. Classificação e resumo

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DomainFinder. Descrição

Um programa interativo para determinação e caracterização de domínios dinâmicos em proteínas DomainFinder é um programa interativo para analisar movimentos coletivos em grandes proteínas, comparando duas estruturas experimentais, ou aplicando uma técnica de modo normal eficiente para uma única estrutura. As proteínas até alguns milhares de resíduos podem ser tratadas em um computador desktop em alguns minutos. Os domínios de dinâmica são um conceito importante na descrição da dinâmica da proteína. Um domínio dinâmico é uma região em uma proteína que pode se mover essencialmente como um corpo rígido em relação a outras regiões. Muitos, mas nem todos, as proteínas têm domínios dinâmicos, e se o fizerem, os movimentos relativos dos domínios são geralmente relacionados à função da proteína. A identificação de domínios dinâmicos é, portanto, útil para entender a função da proteína. No entanto, existem outras situações em que o conhecimento dos domínios dinâmicos é útil. Na determinação da estrutura, o domainfinder pode ajudar a prever facilmente se a complexação com uma embalagem de cristal, ligando ou outras influências externas pode levar a importantes mudanças conformacionais. Em engenharia de proteínas, pode indicar se uma determinada modificação é susceptível de alterar o comportamento dinâmico de a proteína. Em observações experimentais do movimento de proteína, pode sugerir regiões de particular interesse. Em simulações numéricas, pode apontar os movimentos lentos cuja amostragem correta deve ser verificada.Domainfinder é escrito em Python, uma linguagem de programação de objetos de alto nível que é particularmente adequada às demandas de cálculos científicos. As partes críticas de velocidade são implementadas em C. Para operações comuns que faz uso do kit de ferramentas de modelagem molecular, uma biblioteca de código Python para aplicações de modelagem e simulação moleculares. Os resultados de uma análise de domínio podem ser salvos com todos os detalhes em um arquivo de dados do MMTK, que permite todos os tipos de análise posterior. Aqui estão algumas características principais de "DomainFinder": · Eficiência computacional: mesmo proteínas grandes podem ser analisadas usando um computador desktop em poucos minutos · Facilidade de uso: uma interface gráfica de última geração · Exportação de resultados para visualização e análise posterior (VRML, PDB e formato de objeto MMTK)

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