Sbmlsqueezer. Gerando equações cinéticas para redes bioquímicas
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Sbmlsqueezer. Classificação e resumo

Sbmlsqueezer. Tag

gerador bioquímico

Sbmlsqueezer. Descrição

SBMLSQuebeezer gera equações cinéticas para redes bioquímicas de acordo com o contexto de cada reação. Quando usado como um plug-in para CellDesigner, ele usa as informações da representação SBGN de todos os componentes da rede. No modo autônomo, o SBMLSQueeze avalia as anotações de sistemas Biology Ontology (SBO) para extrair essas informações. As leis de taxa que podem ser produzidas pela SBMLSQueezer incluem vários tipos de ação em massa generalizada; A cinética enzimática detalhada e generalizada, vários tipos de equações de colina, sistemas S e HD e modelos aditivos para regulamentação genética. Configurações definidas pelo usuário Especifique qual equação para solicitar qualquer tipo de reação e como garantir a consistência da unidade do modelo. Equações podem ser criadas usando menus contextuais. Todos os parâmetros recém-criados são equipados com a unidade derivada e anotados com os termos de SBO, se disponíveis nomes textuais disponíveis e significativos. Mathml é inserido diretamente no arquivo SBML. A exportação de látex ou texto de equações diferenciais comuns é fornecida. Dê um sbmlsqueezer uma tentativa de avaliar totalmente suas capacidades!

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