 | GEDI-ADMX.detecção de erros genótipo e imputação para populações misturadas |
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GEDI-ADMX. Classificação e resumo
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- Licença:
- Freeware
- Nome do editor:
- Bioinformatics Lab
- Sistemas operacionais:
- Windows All
- Tamanho do arquivo:
- 7.3 MB
GEDI-ADMX. Tag
GEDI-ADMX. Descrição
GEDI-ADMX é um aplicativo construído para lidar com dados genótipos de indivíduos não relacionados. A inferência de ancestralidade local usa um HMM fatorial treinado em haplótipos ancestrais a genótipos imputados em todos os locos SNP digitados sob cada ascendência local possível. GEDI-ADMX atribui a cada locus a ascendência local que produz a maior precisão de imputação, conforme avaliado usando um esquema de votação ponderado com base em várias janelas SNP centradas no locus de interesse. Detecção de erros e imputação de genótipos ausentes em SNPs digitados é realizado usando Probabilidades de genótipo multilocus calculado com base no HMM fatorial correspondente à ancestralização local inferida. A imputação dos genótipos em cada SNP não encaixado é realizada com base em probabilidades de genótipos posteriores computadas usando um fatorial similar hmm abrangendo K (padrão k = 10) digitou SNPS antes e depois do locus imputado antes e depois do locus imputado. O pacote GEDI-ADMX fornece métodos para: · Inferência de Ancestrais Local · Detecção e correção de erro de genótipo SNP · Imputação de genótipos ausentes em SNPs digitados e · Imputação de genótipos em SNPs não obstinado.
GEDI-ADMX. Software Relacionado
