Meltsim. o simulador de derretimento do DNA
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Meltsim. Classificação e resumo

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Meltsim. Descrição

Meltsim é um programa estatístico-mecânico para calcular curvas de fusão (desnaturação) (perfis derivados) e mapas de DNA, de genes a genomas. O modelo é a treliça de isenção unidimensional à qual a entropia de loop foi anexada. O algoritmo original é o da Polônia e Scheraga e Polônia, com a aproximação do Fixman e Friere da entropia de loop por uma soma de exponenciais. Os parâmetros no algoritmo original da Polônia foram avaliados por Blake e Delcourt e proporcionam um acordo quase quantitativo entre TM, amplitudes, amplitudes, amplitudes, amplitudes e áreas de transição observados e calculados com as transições. O programa armazena os resultados da operação em um arquivo de log que permite revisar informações e operações importantes. Principais características: O arquivo de entrada (sequência) não requer nenhum formato especial. Bases podem estar em maiúsculas e / ou minúsculas e não são necessárias rupturas de linha. No entanto, apenas as letras A, C, G e T são contadas como bases. Com o aplicativo auxiliar chamado compilar, locais de sequência específicos em arquivos formatados pelo Genbank podem ser convertidos e lidos pelo Meltsim 1.0 para Windows. Um título será automaticamente adicionado à parte superior do gráfico se a primeira linha do arquivo de entrada contiver texto a partir do sinal de libra (#). As bases são normalmente lidas em blocos de 100.000 pb e o D (THETA) / DT (a primeira derivada da porção não endurecida, com temperatura) VS. T Valores são calculados como mais bases são lidos. O arquivo do mapa de derretimento fornece dados para o último bloco derretido. Meltsim 1.0 para Windows pode ser direcionado para derreter em blocos marcados com um asterisco (*) no arquivo de entrada. Também pode ler qualquer parte de uma sequência, dando os locais de partida e parada. Vários arquivos de entrada podem ser fundidos sequencialmente usando o Asterisk WildCard (*) no nome do arquivo. Com a função de impressão automática, o Meltsim 1.0 para Windows pode ser deixado para funcionar em qualquer número de arquivos, imprimindo gráficos como vai. Um arquivo de saída é produzido de coordenadas de curva de fusão (d / dt como uma função de t). Outro arquivo de saída é produzido de coordenadas de mapa de fusão (T e THEA como funções de posição base, em média sobre um domínio de tamanho ajustável). Aters anteriores pode ser lido de volta para o Meltsim 1.0 para Windows, bem como qualquer arquivo de coordenadas XY que se deseja usar para comparação ou referência. Os valores TM podem ser calculados em qualquer curva usando uma função de integração. O valor do TM é exibido no TM no gráfico, juntamente com uma linha. Curvas e o mapa de fusão podem ser exibidos em várias maneiras, e a janela mostra como o gráfico será exibido quando impresso.

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