Matrixgen. Aplicativo de BioInformatics gratuito e aberto que irá ajudá-lo a gerar matrizes de pontuação
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Matrixgen. Classificação e resumo

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Matrixgen. Descrição

Aplicativo gratuito e aberto Bioinformatics de código que irá ajudá-lo a gerar matrizes de pontuação MatrixGen é um aplicativo BioInformatics usado para gerar matrizes de pontuação da análise de conjuntos de dados de aminoácidos alinhados e DNA. Essas matrizes podem então ser usadas pelo Clustal para gerar alinhamentos mais precisos. Há muitos algoritmos para determinar a similaridade de proteína e alinhamento de proteínas. Há também muitos programas para fazer isso. MatrixGen não é um programa de alinhamento. No entanto, interopera com programas de alinhamento para fornecer um alinhamento mais preciso. Métodos de alinhamento para alinhar as proteínas dependem de uma matriz ponderada para marcar a probabilidade de transições de um aminoácido para o próximo. O alinhamento com a maior pontuação é então julgado o alinhamento mais correto. Estas matrizes ponderadas são geradas por analisando facilmente conjuntos de proteínas anteriormente alinhados para poder determinar a probabilidade de mutação de um aminoácido específico em um contexto evolucionário. Essas matrizes são geralmente apresentadas como uma matriz de odds (LOD). Cada elemento de uma matriz LOD é o logaritmo de uma proporção de probabilidades. Especificamente, as probabilidades consideradas são a probabilidade observada de um par de aminoácidos sobre a probabilidade esperada de um par de aminoácidos.matrixgen calcula essas probabilidades como descrito por Henikoff e Henikoff. MatrixGen não bloqueia agrupamento conforme descrito por este mesmo papel. A ideia por trás da matrixgen é criar uma matriz especificamente para a proteína que você está alinhando usando um conjunto de dados de proteínas muito semelhantes. A matrixgen também gerará matrizes de distância e dará a você outras estatísticas úteis sobre o seu conjunto de dados.

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