Snakemake Um idioma baseado em Python e ambiente de execução para fluxos de trabalho semelhantes a fazer
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Snakemake Classificação e resumo

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Pitão ambiente execução Ambiente de execução

Snakemake Descrição

Construir sistemas como fazer são freqüentemente usados para criar fluxos de trabalho complicados, e. em bioinformática. O Snakemake visa reduzir a complexidade da criação de fluxos de trabalho, fornecendo uma linguagem de especificação específica de domínio limpa e moderna (DSL) no estilo Python, juntamente com um ambiente de execução rápida e confortável.Enstalação- No Ubuntu 12.04, você pode instalar o pacote Debian Python3-Snakemake Disponível no nosso repositório de launchpad.- Em outros sistemas, você precisa de uma instalação de trabalho de Python> = 3.2. Dependendo do seu sistema, você pode instalar o Snakemake, emitindo Easy_Install Snakemake ou Easy_Install3 Snakemake na linha de comando. Se você não tiver privilégios de administrador, dê uma olhada no argumento --User of Easy_install.- Finalmente, Snakemake pode ser instalado manualmente baixando o arquivo de código-fonte do Pypi. UsageMakemake oferece um simples DSL para descrever fluxos de trabalho que criam arquivos em várias etapas subseqüentes: amostras = # Acessar Valores curinga Valores Wildcards.Sample # Facilmente execute o shell comandos automaticamente usando seu shell padrão enquanto tendo acesso direto # para todas as variáveis locais e globais através dos fios de minilanguage de formato = 6 shell ("somecommand - Tópicos {Threads} {Entrada } {Saída } "}") Regra MAP_READS: # Atribua nomes para entrada de entrada e saída Entrada: lê = "{amostra} .fastq", hg19 = "hg19.fastra" # Mark Arquivos de saída para serem protegidos contra gravação após a saída de criação: mapeado = protegido ("{amostra} .mapped.sai") # opcionalmente defina as mensagens exibidas em vez da regra genérica Descrição na execução da regra: "O mapeamento é lido para { input.hg19} "Threads: 8 Shell: # Forneça diretamente comandos da Shell (em uma string multi ou única linha) se a sintaxe Python não for necessária. # novamente, as variáveis globais e locais podem ser acessadas através do formato minilanguage. # Além disso, número de threads usados pela regra pode ser especificado. O agendador Snakemake garante que a regra seja executada com o número especificado de encadeamentos, se os núcleos suficientes forem disponibilizados através da opção de linha de comando -J. "" "" Bwa aln -t {threads} {input.hg19} {input.reads}> {output.Mapped} Alguma --outras - outra - Dado "" "Dado um" SnakeFile "com tal sintaxe, o fluxo de trabalho pode ser Executado (por exemplo, usando até 6 processos paralelos) por problemas: Snakemake -J6 -s SnakeFilefor mais detalhes Por favor, veja a página inicial do tutorial.Product

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