Ssummo. Programas para atribuir informações taxonômicas a cargas de seqüências de RRNA
Baixe Agora

Ssummo. Classificação e resumo

Ssummo. Tag

Pitão sequências TAXA

Ssummo. Descrição

SSummo é uma biblioteca de funções projetadas em torno iterativamente usando Hmmer para atribuir sequências a táxons. Os resultados são altamente anotados, mostrando a distribuição de espécies / gêneros dentro dessa comunidade.programas incluídas no código fonte incluem ferramentas para: - construir um banco de dados hierárquico de modelos ocultos de Markov - dictify.py; - alocar seqüências a nomes taxonômicos reconhecidos - Ssummo.py - Analisar a diversidade biológica, utilizando Simpson, Shannon e outros métodos - rankabundância.py.py; - Visualize resultados como cladograma com uma capacidade distinta de comparar facilmente conjuntos de dados - comparativo_results.py-converter resultados para o formato PhyloxML: Dict_to_phyloxml.py; - Build Representação HTML - DICT_TO_HTML.PY .- Curvas de rarefação de plotagem e calcular índices de biodiversidade correspondentes O código fonte Python é fornecido aqui, no código do Google. O banco de dados hierárquico prebutilável de HMMS, bem como um banco de dados de taxonomia otimizado SQL (usado para a dedução de fileiras de cada táxon) pode ser baixado de: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/download/Por Informações de instalação, Por favor, consulte o Readme. Para informações de uso, há um wiki (acima) e um manual de usuário preliminar foi adicionado à página inicial do SVN Trunk.product

Ssummo. Software Relacionado