Otimista Um localizador de motivo eficiente preciso para grandes conjuntos de dados
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O projeto de extremo iniciado como uma aproximação ao algoritmo de maximização de expectativa para o tipo de modelo usado em resultados do MOTIF, como a aproximação em Meme.steme, executa uma ordem de magnitude mais rapidamente do que a implementação de memes para configurações de parâmetros típicos. O stime agora se desenvolveu em um local de motivo totalmente incendiado por si só. Por que use o steme? Motivo comprovado, o TechniquesTeme é baseado no algoritmo de meme testado. O meme é um dos resultados mais maduros e populares do motivo. Foi um dos principais artistas da comparação de benchmark da Tompa et al. Lotif Respecters.Designed para o conjunto de dados grandes é projetado para ser usado no tipo de grandes conjuntos de dados normalmente gerados por experimentos biológicos modernos. O stime foi testado na entrada nas dezenas de megabases, mas não há razão para que não seja usada em conjuntos de dados maiores.Teme é rápido. Normalmente, os resultados do motivo têm um tempo de execução que cresce rapidamente com o tamanho da entrada. Devido ao uso de sufixo de steme, não sofre esse problema. O STEME fornece opções para controlar o tempo de execução para que o usuário controle quanto tempo eles estão preparados para aguardar os resultados.Flevadores de Motif MotifsMany MotifsMany Lights (especialmente rápidos enumerativos motores) Use seqüências de consenso como modelos de sites de ligação. Estes não são tão flexíveis quanto os PWMs que o steme usa e não podem capturar a mesma gama de motivos que os PWMS. Easy para usesteme produz saída no formato bem estabelecido do meme, facilitando a utilização em ferramentas a jusante. A saída do steme foi testada com ferramentas a partir de meme, biopython e bioperl.Acratário Cálculos de significância de cálculos de cálculos são projetados com grandes conjuntos de dados em mente. Os resultados do motivo que não foram escritos para grandes conjuntos de dados podem frequentemente malicular mal o significado dos motivos que encontram. Este é um problema particularmente insidioso e difícil para o usuário identificar.Available como um serviceSteme da Web pode ser instalado localmente em sua máquina ou pode ser executado pela Web em nossa página inicial do documentationProduct

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