Mygene cliente python para serviços mygene.info
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O Mygene.Info fornece serviços da Web de descanso simples para consultar / recuperar dados de anotação genética. Ele é projetado com simplicidade e desempenho enfatizado. O Mygene é um wrapper python fácil de usar para acessar o Mygene.Info Services.Instalação Opção 1 PIP Instalar Opções do MyGene 2 Download / extrair o código-fonte e executar :: Python Setup Install Option 3 Instale o código mais recente diretamente do repositório :: PIP instalar -e hg + https: //bitbucket.org/newgene/mygene#egg=mygeneusagein : Importar Mygenein : mg = mygene.mygeneinfo () em : mg.getgene (1017) : {'_id': '1017', 'nome': 'Cyclin-dependente quinase 2', 'símbolo': 'cdk2'} em : mg.getgene (1017, nome, símbolo, refseque ') Fora : {' _ id ':' 1017 ',' nome ':' Cyclin-Dependent Kinase 2 ',' REFSEQ ': {' genomic ': , 'proteína': ,' RNA ': },' símbolo ':' cdk2 '} em : mg.getgene (1017,' nome, símbolo, refseq.rna ') out : {' _ ID ':' 1017 '', ' Nome ':' Cyclin-Dependent Kinase 2 ',' REFSEQ ': {' RNA ': },' símbolo ':' cdk2 '} em : mg. Getgenes () Fora : em : mg.query ('cdk2', limite = 5) para fora : {'ETAG': '1358E787924DDB', 'Limite': 5, 'linhas': ,' Skip ': 0,' Total_rows ': 29} Em : mg.query ('repórter: 1000_at') para fora : {'ETAG': '13574EE908E81', 'limite': 25, 'linhas': , , , , , ], 'ID': 55682}, 'ID': ' 5595 ',' Nome ':' Protein Kinase 3 'ativada com mitógeno 3', 'Pontuação': 8.231849670410156, 'símbolo': 'MAPK3', 'Taxid': 9606}], 'Skip': 0, 'Total_rows': 1} Em : mg.query ('símbolo: cdk2 e espécie: humano') para fora : {'ETAG': '1358E787924DDB', 'Limite': 25, 'Linhas': {'homologene': 'genes': , , , , , ], 'id': 74409}, 'ID': '1017', 'Nome': 'Cyclin-Dependent Kinase 2', 'Pontuação': 71.34159851074219, 'símbolo': 'CDK2', 'Taxid': 9606}], 'Skip': 0, 'total_rows': 1} em : mg.findgenes ( , escopo = 'Entrezgene', espécie = 'humano') consultando 1-2 ... terminou : em : mg.findgenes (, escopo =' Entrezgene ', espécie = 9606) consultam 1-2 ... terminou.Out : Em : mg.findgenes (, escopo = 'Entrezgene', espécie = 'humano') consultam 1-3 ... acabado.1 IDs de entrada não encontraram sucesso : para fora : em : mg.findgenes (, escopo =' Entrezgene ', espécie =' humano ', raw = true) consultam 1-3 ... acabado : : , , , , , ], 'id': 74409}, 'ID': '1017', ': ,' Nome ':' Cyclin-dependente quinase 2 ',' símbolo ':' CDK2 ',' Taxid ': 9606}, {' homologene ': {' genes ': , , , ], 'id': 30953}, 'id': '695', 'Key': ,' Nome ':' Bruton Agammaglobulinemia Tirosina quinase ',' símbolo ':' BTK ',' Taxid ': 9606}] Página inicial do produto

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