Mdl. Língua Dinâmica Molecular
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Mdl. Classificação e resumo

Mdl. Tag

simulação língua Simulação de dinâmica molecular Dinâmica molecular

Mdl. Descrição

Permite que os usuários representem simulações moleculares (MD) em um alto nível A linguagem Molecular Dynamics (MDL) destina-se a permitir que os usuários representem simulações moleculares dinâmicas (MD) em um nível alto. Isso inclui a capacidade de interagir diretamente com simulações em execução e protótiem novos esquemas de integração usando vários métodos diferentes, incluindo objetos e funções que atualizam a posição e os conjuntos de velocidade. A linguagem se baseia no Python e usa um conjunto de bibliotecas envoltas por swig do Protomol da estrutura de software, desenvolvida em parte para atender aos requisitos de desempenho pesado de cálculos de força de longo alcance. Adicionar e testar novos algoritmos de avaliação de força são ajudados pelo design modular de MDL, bem como novos protocolos de simulação. A API inclui funcionalidade para acessar dados de simulação, dados de entrada e saída em diferentes arquivos e formatos, adicionar plotas de dados, adicionar diferentes tipos de forças a integradores individuais, use integradores existentes da estrutura Protomol em Python e converter vetores de dados em matrizes numéricos rápidos .

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