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Fonzie. Classificação e resumo
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Fonzie. Tag
Fonzie. Descrição
Fonzie é uma aplicação informática baseada em Python que foi criada para a especialidade de cartografia genética. A Fonzie permite encontrar marcadores em um conjunto de seqüências e associar oligonucleótidos também. Fonzie chama o Tandem Repetir Finder no arquivo de sequência nucleico de entrada (Fasta Format). Cada marcador é exibido em relação aos diferentes critérios (tamanho, por cento de correspondências, presença em regiões específicas da sequência de entrada). Em seguida, a sensibilidade do marcador é estabelecida realizando uma explosão contra um banco de dados de sequências nucleicas (que inclui o arquivo de entrada). Este banco de dados deve ser criado antes do uso de Fonzie. Na próxima etapa, os pares de primer são projetados, usando o Primer3, para os marcadores selecionados. Fonzie então testar a sensibilidade do produto de amplificação usando a explosão contra o banco de dados. Os arquivos de saída do Fonzie são um arquivo de texto delimitado por tabulação, incluindo dados em marcadores e primers, um arquivo DAT que é a saída de TRF e 3 diretórios contendo, respectivamente, a sequência de marcadores em FASTA, a sequência de produtos de amplificação em Fastá e um arquivo de dados para cada marcador.
Fonzie. Software Relacionado
