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Densityfit. Classificação e resumo
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Densityfit. Descrição
A microscopia eletrônica tornou-se uma ferramenta importante na biologia estrutural. Muitas proteínas que não podem ser feitas para cristalizar em um cristal 3D adequado para cristalografia de raios X podem, no entanto, ser estudados por microscopia eletrônica, seja como moléculas únicas ou na forma de cristais 2D. No entanto, as estruturas resultantes têm uma resolução muito menor. Com exceções raras, os mapas de densidade eletrônica obtidos por microscopia eletrônica não são suficientes para identificar a estrutura na resolução atômica. Em algumas situações, uma estrutura de nível atômico da mesma proteína em outra conformação está disponível. DensityFit é uma ferramenta projetada para combinar essas informações com a estrutura de baixa resolução. Esta ferramenta baseada em Python faz isso, deformando a estrutura atômica conhecida para torná-lo encaixado no mapa de densidade de elétrons de baixa resolução. A flexibilidade da proteína é descrita por um modelo de rede elástico, cujos modos normais de baixa energia definem as deformações permitidas. Este procedimento garante que a integridade da proteína seja preservada durante a deformação. Em comparação com outros algoritmos semelhantes que foram publicados, o implementado em densidadefit tem a vantagem de ter sido testado em dados experimentais reais para uma proteína de tamanho médio, CA-ATPase. O algoritmo e sua aplicação à CA-ATPase foram descritos em
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