Oligocheck. Verifique a qualidade das sondas filogenéticas e conjuntos de primer
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Oligocheck. Classificação e resumo

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Oligocheck. Descrição

O Oligocheck é uma ferramenta baseada em Java que foi projetada para avaliar a robustez, avaliando um conjunto de primer ou faixa filogenética da sonda, já que o número de incompatibilidades de base com potencial seqüência alvo aumenta. O usuário fornece um conjunto de primer ou sonda para verificar, junto com um banco de dados de seqüências de ácido nucleico. Oligocheck verifica o conjunto de primer ou a sonda contra cada registro relevante no banco de dados e observa se as correspondências ocorrem com um número crescente de incompatibilidades base permitidas. A análise resultante é exibida em uma forma gráfica, juntamente com os dados de gravação de seqüência. A capacidade dos conjuntos de primeiros e sondas de ácido nucleico para ligar exclusivamente à seqüência correta do ácido nucleico é fundamental para a exacção precisa de grupos filogenéticos específicos. Essa especificidade depende em grande parte da singularidade da região da sequência de ácido nucleico, estes alvo de oligonucleótidos. Quanto mais exclusiva a região, o estabelecimento ou a sonda mais robusta estará em recozimento apenas para o alvo pretendido, mesmo que as variações na temperatura de recozimento e outros parâmetros bioquimicamente relevantes resultem no oligonucleótido ligado com sucesso com alvos com uma ou mais diferenças de base. Assim, um conjunto de primer robusto ou sonda pode ser visto como um que recoze exclusivamente ao alvo pretendido, mesmo quando um ou mais incompatibilidades são permitidos.

Oligocheck. Software Relacionado