Haploview. Análise HAPLotype facilitada.
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Haploview. Classificação e resumo

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Haploview. Descrição

A análise HAPLotype é projetada para testes genéticos moleculares para identificar segmentos de DNA que compartilham semelhanças. A HAPLOVIEW foi criada para melhorar as tarefas relacionadas a tal análise. O aplicativo é baseado em Java, o que torna a plataforma cruzada e não há necessidade de passar por um processo de instalação. Formatos de arquivo e opções do processo são simples e para o ponto, com um único painel que aceita o carregamento de até cinco arquivos Formatos: Ligação padrão, despejos de dados do projeto Hapmap, fase ou plink. Há também suporte a carregar vários arquivos aplicando a linha de comando "-batch". Independentemente do formato de arquivo escolhido carregado no aplicativo, os mesmos parâmetros podem ser personalizados. Estes referem-se à comparação em pares de marcadores, que podem estar acima de um valor especificado pelo usuário (o padrão é definido como 500KB). Um segundo parâmetro refere-se à quantidade de genótipos faltando em indivíduos. Dependendo do valor definido pelo usuário, esses indivíduos podem ser excluídos da análise. As configurações adicionais estão disponíveis para alguns dos formatos de arquivo suportados. No caso de usuários de ligação padrão, têm a possibilidade de permitir testes de associação, dados do trio da família ou carregar um arquivo de teste. Depois de carregar esse arquivo, há vários monitores disponíveis, que incluem plotagem LD, Haplotypes, marcadores de verificação ou torneira (combina métodos em pares com a potencial eficiência das abordagens multimarker). Com formato de fase, a faixa de informações do HapMap pode ser baixada se houver uma conexão com a Internet. Funcionalidade O programa pode ser usado para executar a análise LD e HAPLotype, bem como estimar a freqüência de haplótipo na população. A lista de funções também suporta testes de permutação que poderia revelar significância de associação. ConclusãoPloview é um programa com aplicativos científicos que suportam várias tarefas relacionadas ao processo de análise HAPLotype. Pode ser usado pelos alunos familiarizados com o assunto e também é flexível em termos de funcionalidade e usabilidade. Revisado por Ionut Ilascu, Última atualização em 7 de março de 2014

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