Blastalign. irá alinhar sequências nucleotídicas
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Blastalign. Classificação e resumo

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Blastalign. Descrição

O aplicativo blastalign usa a explosão NCBI para alinhar sequências nucleotídicas que possuem grandes indels (inserções / exclusões) ou são difíceis de se alinhar globalmente. O programa seleciona a sequência mais representativa das seqüências de entrada e extrai a consulta de explosão ancorada vários alinhamentos (em formatos Nexus e Phylip). Como alternativa, o usuário pode escolher qual seqüência para usar como uma âncora. O programa também produz uma matriz que representa regiões de homologia ao longo das sequências, que podem ser usadas para identificar visualmente os subgrupos compartilhando grandes indels grandes. Um programa adicional, o BlastAlignP usa o TBLASTN para alinhar sequências nucleotídicas a uma única sequência de referência de aminoácidos, permitindo que um quadro de leitura aberto seja mantido no alinhamento múltiplo.

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