Bambino Visualizar arquivos Bam com esta ferramenta.
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Bambino Classificação e resumo

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Bambino Descrição

Bambino é um aplicativo pequeno e simples especialmente projetado para oferecer aos usuários um visualizador gráfico e detector SNP / Índel para arquivos de seqüenciamento de próxima geração no formato SAM / BAM. O viewer pós-processa alinhamentos de Bam Unapdded para criar uma visualização totalmente acolchoada da montagem, permitindo a visualização completa de inserções. Principais características: detecta SNPS, inserções e exclusões diretamente de arquivos BAM usando um processo configurável. Isso pode ser executado a partir da linha de comando (consulte a documentação do Bam Utilities) ou interativamente de dentro do espectador. Pode dinamicamente conjuntar dados de vários arquivos BAM: Visualizar e analisar dados de pares tumor / normais, várias execuções ou até mesmo plataformas. O detector variante aproveita também a produção, produzindo a produção adequada para detecção de mutação somática. Reconcilia todos os índigos no conjunto de dados em um alinhamento unificado e acolchoado com a sequência de referência, preenchendo as leituras e a referência conforme necessário. Enquanto a especificação SAM / BAM permite alinhamentos acolchoados, a maioria dos arquivos do BAM contém dados de mapeamento de leitura não esperados. Bambino essencialmente converte esses alinhamentos não esperados em acolchoados. Este pós-processamento fornece uma visão completa e unificada da montagem, mesmo das leituras que têm diferentes tamanhos da Índel no mesmo local. Isso é útil para visualizar recursos como STPS e depurar os alinhamentos produzidos por programas de mapeamento de leitura. Exibe mapeamentos de sites DBSNP SNP e sequências de proteínas de referência, usando anotações genômicas UCSC. A conexão do banco de dados é configurável; Ele pode carregar recursos de vários bancos de dados e / ou builds genoma, e pode usar o servidor de banco de dados MySQL público UCSC ou um espelho local que você fornece. Calcula alterações de codificação de proteínas causadas por SNPS em Refsqs NCBI Pode exibir leituras contra a sequência de referência acabada (atualmente formatos UCSC .2bit e .nib são suportados), ou um consenso gerado a partir da fonte .Bam Data

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