Bioimagexd. software livre de código aberto para análise e visualização de imagens biomédicas multidimensionais
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Bioimagexd. Descrição

Software gratuito de código aberto para análise e visualização de imagens biomédicas multidimensionais O BioImagexD é um software de código aberto gratuito que o ajudará a analisar, processar e processar dados multi dimensionais, multi dados, dados de imagem da série temporal da microscopia e outras fontes. Aqui estão algumas características principais de "bioimagexd": Visualização de imagem: Abra os dados em formatos de microscopia comum (ou imagens ou pilhas de imagens e séries temporais) e visualize a imagem de dados por imagem. Formatos de dados suportados incluem: · Carl Zeiss .LSM Arquivos · Olympusfv1000 .oif. · Arquivos de dados de microscópio confocal Leica SP2 .txt e SP5. · Importação de pilhas de imagem numeradas · Arquivos de imagem VTK XML · A visualização de imagem é aproximadamente comparável ao livre Carl Zeiss e outros visualizadores de imagem do fabricante confocal, mas com melhor renderização em 3D. Os modos de visualização AVAialble são: fatias, seções ortográficas, projeção máxima de intensidade e renderização 3D. Os dados da série temporal são suportados. Processamento de imagem: · Ajuste a cor / brilho / contraste / gama, altere a cor ou a paleta de um conjunto de dados / canal, filtrar o ruído, correto para o branqueamento de fluorescência nos dados da série temporal. · Segmentação 3D e objeto Ananlysis. Renderização de volume 3D: · Os conjuntos de dados 3D podem ser interativamente volume renderizado, usando · Casting Ray de Software (mais lento, mas mais bonito. Acellerated por muitos processadores) · Mapeamento de textura de placa de gráficos OpenGL (mais rápido, mas menor resolução - dependendo da textura tamanho menor) · Terrarecon Inc. VolumePro1000 Hardware Ray Board de fundição (suporte em desenvolvimento) · As funções de transferência de cor e opacidade são totalmente definidas pelo usuário. Você pode aumentar o volume de conjuntos de dados Multi Channel RGB para ver a colocalização em 3D ou tornar um mapa de colocalização 3D. Bioimagexd usa a interface VTK com o OpenGL. Planejamos habilitar a visualização estéreo de hardware (quadro buffer lançando e anaglyph azul e outros modos). Você será capaz de dividir esses óculos 3D e realmente "veja" seus dados! Este é o futuro da microscopia 3D. Produção de filme: · Use o módulo animador para configurar um caminho de câmera em torno de seus dados 3D e fazer um filme de girar e voar embora zoom de forma alguma. Os dados da série temporal são suportados: "Dados 4D". · Análise de colocalização · Nós sabemos que todos os biólogos de células usando microscopia confocal estão sempre à procura de colocalização! Nossa ferramenta de colocalização permite que você analise a colocalização da intensidade do sinal em um conjunto de dados 3D multi canais, evitando o problema de falsa colocalização visto em imagens de projeção de pilha Z e execute algumas análises estatísticas que lhe dão números duros sobre a quantidade e a qualidade dos colocalização em seus dados. Usa algoritmos similares para aqueles em imagej, por exemplo, o plug-in WCIF para limiares automáticos de colocalização, usando o método de custo et al. · Mergulhos Coeficientes e Análise Estatística de Significação, com Histograma 2D / ScatterPlot e Resultados Estatística Exportação

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