Molekel. Um aplicativo de visualização molecular de código aberto e aberto para o seu Mac
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Molekel. Classificação e resumo

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visualizar Visualizar Visualize a molécula molécula Visualizador Molécula. Visualização da molécula.

Molekel. Descrição

Um aplicativo de visualização molecular de código aberto gratuito para o seu Mac O Molekel é uma fonte aberta, fácil de usar e gratuita programa de visualização molecular multi-plataforma. Aqui estão algumas características principais de "Molekel": · Ler dados moleculares de diferentes formatos de arquivo · Moléculas de exibição com diferentes estilos: spaceefill, bola e vara, bola e fio, palito, backbone (resíduos), fita (resíduos), esquemático (resíduo) · Alterar o átomo e o tamanho da ligação · Ler cores atom do arquivo · Exibir o momento do dipolo (para formatos moleculares contendo esta informação) · Animar átomos usando as informações de trajetória e vibração disponíveis em alguns formatos de arquivo · Moléculas Animates lidas de arquivos PDB e XYZ multi-frame · Exibir setas para mostrar a velocidade e direção do movimento de cada átomo animado · Animar superfícies moleculares (durante a exportação de amimação) · Executar distância e cálculos de ângulo (dihecedral) · Use uma sonda planar para visualizar os campos escalares (por exemplo, potencial eletrostático) e exibir o valor do campo escalar em um ponto específico no espaço 3D. · Visualizar as superfícies ISO orbital molecular opcionalmente codificadas com potencial eletrostático. · Visualizar superfícies geradas a partir da matriz de densidade opcionalmente codificada por cores com potencial eletrostático. · Visualize superfícies de dados de grade (no formato Gaussian Cube ou leia de arquivos ADF Tape41) opcionalmente codificados por cores com potencial eletrostático. · Superfícies lisas geradas a partir de dados de grade (Gaussian .Cube) com alisamento laplaciano · Use dados de grade lidos de arquivos .Cube como potencial eletrostático molecular para mapear as superfícies SAS e SES · Computar superfície acessível ao solvente como superfície ISO opcionalmente codificada por cores com potencial eletrostático. · Computar e exibir a superfície excluída do solvente, opcionalmente usando o M.F. Programa MSMS do Sanner (altamente recomendado), obtê-lo aqui · Exportar molécula para um número de formatos de arquivo moleculares · Exportar para POV (experimental, através do OpenBabel) · Exportar para TIFF, PNG, PostScript e PDF · Suporte de sombreadores programáveis (GLSL) · Visualização de espectros de radiação (infra-vermelho e raman) · Renderização multi-pass de alta qualidade com anti-aliasing e renderização correta de superfícies transparentes multi-camadas · Mistura de modos vibracionais O que há de novo nesta versão: · Adicionado suporte para descasamento de profundidade para a prestação correta de objetos transparentes; Requer um cartão OpenGL 2.0 e pode não funcionar corretamente em alguns sistemas. Parâmetros de descascamento de profundidade que afetam a velocidade de renderização / qualidade dos objetos transparentes podem ser definidos através da caixa de diálogo Display-> Exibir Propriedades. · Enredo adicionado de espectros de infravermelho e raman com saída PostScript e PDF · Integrado com VTK 5.1 (versão CVS, uma vez que ainda não há liberação oficial) · Adicionado suporte para anti-aliasing, desativado por padrão; pode ser ativado através da caixa de diálogo Display-> Exibir Propriedades. · Agora é possível mudar a transparência e as cores das superfícies orbitais. · Adicionado suporte para configurações persistentes na caixa de diálogo de superfície de densidade eletrônica. · Adicionado novos shaders de raios-x que funcionam corretamente com o VTK 5.1. Bugs corrigidos: · 392 - Adicionar suporte para entrada de gamess multi-molécula · 401 - Não é possível excluir a superfície connocry · 403 - suporte de linha de comando · 404 - Erro ao ler Molden Data Orbital Molecular · 405 - Transparência não é consistente para ambas as cores orbitais (dependentes do cartão / motorista específico) · 406 - Animação é executada depois de excluir a molécula · 408 - Solicitação de recurso: Iniciar índice orbital de zero · 420 - Configurações não salvas ao fechar a janela · 421 - Superfície de dados de grade: Relatório de tempo decorrido errado · 422 - Não é possível salvar animações com SES transparente

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