simupop Ambiente de simulação genética de população de tempo livre e aberto
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Ambiente de simulação de população de tempo livre e aberto de código aberto Simupop evolui população (s) para a frente no tempo - sujeito a um número arbitrário de forças genéticas e ambientais (recombinação, migração, mutação, mudança de tamanho da população etc.). Simules fáceis como a maioria dos modelos em livros de genética populacional padrão podem ser configurados facilmente, enquanto simulações muito complicadas, como disseminação de doenças complexas, as migrações antigas fora da África podem ser construídas passo a passo adicionando operadores apropriados (objetos que trabalham em populações) . Requisitos: · Pitão O que há de novo nesta versão: · Bug: Corrigir um erro de vazamento de memória no PyparentsChooser. · CHG: Mapselector agora aceita um dicionário de tuplas, em vez de strings. · CHG: mappenetrance agora aceita um dicionário de tuplas, em vez de strings. · CHG: remover função individual.intinfo. · CHG: ClonGenOtransmitter aceita uma lista de campos de informação a serem copiados dos pais para descendentes. Padrão para todos os campos de informação. · CHG: remova o recurso do palco dos operadores. Em vez disso, os operadores devem ser passados explicitamente aos parâmetros preps, durante os postos da função Evolve. Os parâmetros Prepos e Postops existentes são renomeados para inícios e finalops. · CHG: O segundo parâmetro de uma função demográfica é agora a população parental em si, em vez de tamanhos populacionais parentais. · CHG: Trate Ancgen na população.DbyID como geração sugerida e continuará a verificar outras gerações se um indivíduo com ID especificado não for encontrado na geração sugerida. · CHG: separar campos adicionais de Infofields para paramfields no piseletor do operador. · CHG: alterar os seletores de parâmetros para ops no piselector do operador. · CHG: adicionar suporte para subpopulações virtuais a todos os operadores de penetrância. · CHG: altere o subpop do parâmetro para subpops em esquemas de acasalamento. · CHG: Remova todos os traços quantitativos Opeartores, exceto pyquantrait. Mofidy a interface do PyQuanTrait para que possa lidar com vários campos de traço e ser aplicado durante o acasalamento. · CHG: Mais operadores de amostragem e funções para submodular amostragem. · Novo: durante os operadores de aceleração usados em um esquema de acasalamento agora suporta parâmetros começam, passo, fim, em e representantes. · Novo: adicionar parâmetro vspMap a combinação do site que pode definir vsps por união do VSPs. · Novo: adicionar intervalos de parâmetros a infosplitter. · Novo: adicione produtosplitter que define vsps por interseções de vsps. · Novo: Permitir acesso a campos de informações individuais como atributos. · Novo: adicione distribuição qui-quadrado à classe RNG (). Remova algumas funções memereras raramente usadas desta classe. · Novo: Permitir que os seletores sejam aplicados durante o acasalamento para permitir a seleção natural através da seleção de descendentes. · Novo: Permitir a especificação de nomes VSP em divisores. · Novo: adicionar parâmetro freq ao operador indovalue. · Novo: adicionar parâmetro machoprop ao operador initsex. · Novo: adicionar suporte para população haplodiplóide e cromossomos sexuais ao mapelector. · Novo: adicionar apoio da população haplóide ao maselector.

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