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Um programa de visualização para exibir molecular, a animação e analisar grandes sistemas biomoleculares usando 3-D gráficos. VMD é um programa de visualização para exibir molecular, animar e analisar grandes sistemas biomoleculares usando 3-D gráficos e embutido scripting. VMD suporta computadores com o Mac OS X, UNIX ou Windows, é distribuído gratuitamente, e inclui fonte code.VMD é um gráficos moleculares programa concebido para a visualização e análise de biopolímeros tais como proteínas, ácidos nucléicos, lipídios e membranas interativo .VMD é uma aplicação geral para a exibição de moléculas que contêm qualquer número de átomos e é semelhante ao de outros programas de visualização molecular na sua capabilities.VMD básico inclui suporte embutido em alta-fim render estereoscópico tamponada com quádruplo que pode ser utilizada em teatros, como projecção bem como estações de trabalho gráficas. exibição Sterescopic ajuda significativamente na percepção de estruturas tridimensionais e tem sido um elemento-chave no VMD desde sua primeira versão. VMD também fornece suporte para óculos estéreo barato orientada para o jogo, e estéreo, mesmo anaglyphic (vermelho / azul). Aqui estão algumas características-chave de "VMD": · Não há limite para o número de moléculas, átomos, os resíduos ou o número de quadros de animação, excepto a memória disponível. · Muitos prestação molecular e volumétrica e métodos para colorir. · Língua selecção átomo extensiva com operadores booleanos e algébricas, expressões regulares, seleções distância baseado, e muito mais. · Gráficas extensa e texto interfaces para Tcl, Tk e Python para fornecer poderosos scripts e capacidades de análise. · Alta qualidade na tela tornando utilizando sombreamento programável OpenGL em aceleradores gráficos avançados. · Visualização estereoscópica com óculos com obturador, painéis planos autostereoscopic, anaglyph estéreo, e a observação estereoscópica lado-a-lado. · 3-D controlo interactivo por meio do uso de joysticks, Spaceballs, dispositivos tácteis e outros dispositivos de entrada avançada, com o apoio para Realidade Virtual periférica de rede (VRPN). · Um sistema de arquivo de carga baseada em plug-in extensível com suporte para formatos populares como o âmbar, CHARMM, Gromacs, NAMD, PDB, X-PLOR, e muitos outros, bem como a conversão automática através de Babel. · Export exibida cena para formatos de renderização extenal incluindo POV-Ray, Raster3D, RenderMan, Gelato, Tachyon, Wavefront, bem como arquivos STL ou VRML2 para a impressão 3-D. · Integração de alinhamento de sequências múltiplas e as ferramentas de análise evolutivos, sob a forma do Multiseq plug-in e do seu conjunto de ferramentas relacionadas. · Realizar simulações interativas dinâmica molecular (IMD), utilizando NAMD, Protomol, ou outros programas como simulação back-ends. · Integração com o NAMD programa, um rápido, paralela, e a dinâmica molecular escaláveis programa desenvolvido em conjunto com VMD. Veja a página de NAMD para mais detalhes: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd · A integração com o ambiente de pesquisa colaborativa Biocore. VMD pode "publicar" scripts de gráficos moleculares para Biocore, para que os colaboradores possam trabalhar em conjunto através da internet. Veja a página de Biocore para mais detalhes: http://www.ks.uiuc.edu/Research/biocore. Limitações: · Você tem que se registrar para download. O que há de novo nesta versão: · Atualizações de documentação do usuário · Pequenas melhorias e correções para Guia, a documentação adicional do Usuário VMD para novos comandos e variáveis de ambiente. · Novos e atualizados tutoriais disponíveis para imagens avançadas e fazer filmes, 3-D de exportação de PDF, Tachyon iluminação oclusão de ambiente, para colorir a superfície eletrostática, e seleções átomo mapa de densidade base. · Alterações da interface do usuário · Novo "Usuário" modo de escolher para uso com scripts definidos pelo usuário e plugins · Melhorias gerais · Suporte para a captura de 3-D com o Acrobat 3-D, para a criação de documentos que incorporam estruturas moleculares 3-D. · Representações VMD pode agora usar avançado iluminação ambiente oclusão da taquiônica para enormemente melhoradas representações 3-D de gráficos moleculares. Este modo de iluminação avançada pode melhorar muito o sombreamento de poros e canais, estruturas com cavidades e outros casos que requerem tipicamente o uso de cueing profundidade para uma melhor percepção de profundidade. · VMD agora suporta a "Gelato" pacote de prestação de qualidade de produção acelerada por GPU nVidia. VMD exportações cenas em formato de arquivo PYG nativo do Gelato, bem como o formato RenderMan RIB. · Por padrão VMD agora usará todos os processadores disponíveis para acelerar as partes paralelizadas do código que atualmente incluem várias rotinas de análise de estrutura, MD interativo e rastreamento de raios. · O uso geral da memória por átomo foi significativamente diminuído. A VMD agora usa pouco mais da metade da memória por átomo em comparação com versões anteriores, deixando mais espaço disponível para quadros de trajetórios adicionais ou para mais moléculas a serem carregadas de uma só vez. · A escalabilidade de carregamento e análise de estrutura VMD foi significativamente melhorada. A VMD foi testada com sucesso carregando e analisando estruturas de até 72.000.000 átomos. · O algoritmo automático de determinação de ligação agora passa até 3 vezes mais rápido em sistemas de processadores únicos e usa vários processadores para melhor desempenho em processadores multicore e estações de trabalho multicocessador. · Desempenho de carregamento drasticamente melhorado da estrutura multi-mil-arquivos quando a atualização de exibição está desativada. Isso beneficia trabalhos de análise VMD do modo de lote envolvendo análise de milhares de estruturas, e. Carregando e pesquisando grandes subconjuntos do PDB.

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