Snoopch. programa construído para visualizar e comparar dados de hibridação genômica
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Snoopch. Classificação e resumo

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comparar visualizar Genoma visualize o genoma. Visualização do genoma. comparar dados genômicos

Snoopch. Descrição

Programa construído para visualizar e comparar dados de hibridação genômica O Snoopcgh é um aplicativo gratuito e aberto da área de trabalho Java de código aberto para visualizar e explorar dados de hibridização genômica comparativa (CGH). SnoopcGh permite que o usuário analise interativamente vários conjuntos de dados simultaneamente. A entrada é baseada em um formato de guia, espaço ou vírgula, contendo séries de valores de intensidade de log correspondentes a uma ou mais comparações ou amostras .Snoopch fornece gráficos Zoom ilimitado (em ambos os eixos) que podem ser explorados de forma interativa com o mouse. O uso de várias camadas, que podem ser empilhadas e combinadas, facilita a visualização dos dados. É possível aplicar várias camadas a uma parcela para filtrar os índices da CGH ou executar análises estatísticas em regiões de interesse. Os métodos de análise foram implementados e permitem a rápida visualização e dissecção de variações estruturais putativas (SVS). Em particular, os dados são suavizados usando um algoritmo baseado em Wavelets Haar, e ilhas de potenciais SVs são estimados usando o recurso SW-Array.A Snoopch é sua capacidade de interface com arquivos de anotação para download (por exemplo, EMBL) de navegadores genômicos, que incluem informações sobre nomes genéticos e recursos genômicos (por exemplo, conteúdo GC). O usuário tem uma representação visual das anotações ao pé do enredo e pode acessar facilmente informações textuais detalhadas clicando nelas ou pela pesquisa textual. Links diretos para os principais navegadores genômicos são incorporados. Requisitos: · Java 1.6 ou mais tarde

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