Perlmol. módulos de perl livre para química molecular
Baixe Agora

Perlmol. Classificação e resumo

Perlmol. Tag

calcular analisar módulo Módulo Perl. Módulo de cálculo Módulo de Análise

Perlmol. Descrição

Módulos de perl gratuitos para química molecular Perlmol é uma coleção de módulos Perl para a quimioinformática e a química computacional com a filosofia que "coisas simples devem ser simples". Deve ser possível escrever uns-forros que usem este kit de ferramentas para fazer "molar molecular" significativo. O Perlmol Toolkit fornece métodos e objetos para representar títulos, oléculas e átomos em Perl; fazendo correspondência de subestrutura; e ler e escrever arquivos em vários formatos.Note: Perlmol é licenciado e distribuído sob os termos da licença artística e GNU General License Public (GPL). Aqui estão algumas principais características de "Clozure CL": funções básicas · Clone Moléculas · Excluir átomos e títulos · Moléculas de combinação / separadas (gráficos conectados) Funções geométricas · Calcular distâncias, ângulos e diédrios das coordenadas cartesianas · Encontrar a menor distância entre duas moléculas · Coordenadas cartesianas de coordenadas internas · Z-matrix Builder: Criar uma representação interna de coordenadas Uma molécula do zero usando as coordenadas cartesianas · Construtor de estrutura de molécula 3D: Gerar coordenadas atômicas de uma mesa de conexão · Calcular o plano centróide e melhor ajuste de uma função ringpológica · Criar ligações das coordenadas cartesianas · Atribuir automaticamente ordens de ligação formal · Percepção de títulos Incluindo SSSR) · Detectar aromaticidade · Correspondência de subestrutura · Correspondência de fórmulas · Canonicalização / simetria topológica P Erception · Builder Z-matrix: Crie uma representação de coordenadas internas de uma molécula do zero usando a coordenação cartesianaInput / formatos de saída e formatos de arquivo · MDL Molfile Parser / Writer · Parser / gravador de arquivo MDL SDF · Pedificador / gravador de arquivos PDB · Smiles Parser / Writer · Gerador de sorrisos exclusivos · Analisador de linha SYBYL · Analisador / gravador de linha Sybyl (SLN) · Parser de idioma de especificação do Atom Midas / Chimera · Parser / formatador de fórmula · Parser de padrão de fórmula · Parser / gravador de formato MOPAC · VRML Format File Writer · Perl Data :: Formato de arquivo de dumper · Um "printf" para moléculas e AtomsData · Massas Atômicas Relativas · Isotope Exact Massesmini-Language · MOK - "Um AWK para moléculas" Requisitos: · Perl. O que há de novo nesta versão: · Novo: Química-File-VRML 0.10 · Novo: Química-3DBuilder 0.10 · Adicionado propriedade formal_radical Atom. · Compatibilidade com Storable-2.14, que já cuida de referências fracas. · Calc_implicic_hydrogens, add_implicic_hydrogens · Corrigido $ Atom-> Obrigações Duplicação em $ Mol-> Separado (Bug 1173237) · Novo método: safe_clone · Advertências espúrios fixas em Sprout_Hydrogens (Bug 1157393) · Adicionado um teste para química incompatível :: Arquivo :: Versões Smiles. · Leia uma molécula por vez usando a interface Química-Mol-0.30. · Nova variável especial $ FH · Adicionado suporte para química :: 3DBuilder (-3 opção de linha de comando) · Adicione #line ao código gerado para que os erros dão números de linha mais significativos. · Bug de análise fixa onde o primeiro bloco usou um idioma de padrão explícito Química reestruturada :: Mok para ser mais orientado para objetos: · Aviso: O objeto Mok é agora uma referência de hash em vez de uma referência de matriz. Isso pode afetar classes derivadas. · Vazamento de memória fixa que impediu que o último átomo seja coletado de lixo. · Adicionado a string Smarts original como a propriedade $ patt-> nome. · Adicionado suporte para números de mapeamento Atom · Alterou parse_file para read_mol · Ler arquivos multi-modelo (cada modelo lido como uma molécula) · ID da cadeia de leitura e código de inserção · Bug de mapeamento fixo para sobreposição => 0 · Suporte da corrente. · Seja mais leniente com espaço em branco. · Análise e execução refatada. · Adicionado suporte para encargos e radicais. · Adicione hidrogênios implícitos em leitura. · Suporte para algumas propriedades de consulta: Listas de átomo, topologia de títulos e tipos de obrigações. · Adicionado tabela de abundância natural

Perlmol. Software Relacionado