Pdb2pqr. Um pipeline automatizado para a configuração, execução e análise de cálculos eletrostáticos Poisson-Boltzmann
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Pdb2pqr. Descrição

Uma tubagem automatizado para a configuração, a execução, e análise dos cálculos de Poisson-Boltzmann electrostática PDB2PQR é uma fonte aberta e software livre Python que automatiza muitas das tarefas comuns de preparação estruturas para cálculos eletrostática do contínuo, fornecendo um utilitário independente de plataforma para converter arquivos de proteína em formato PDB para tarefas PQR format.These incluem: · A adição de um limitado número de átomos pesados em falta para estruturas biomoleculares · Determinar pKas de cadeia lateral · Colocar hidrogénios faltando · Optimização da proteína de ligação de hidrogénio favorável · Atribuição de parâmetros de carga e raio a partir de uma variedade de campos de força Requisitos: · Pitão O que há de novo nesta versão: Novas características: · Html Atualizado / master-index.html, Suprimido html / index.php. · Pydoc atualizado executando genpydoc.sh. · Adicionada uma opção por espaços em branco, colocando espaços em branco entre o nome e átomo nome resíduo, entre X e Y, e entre y e z. · Raio Adicionado Para o cloro, ligff.py. · Adicionado PEOEPB campo de força, dados fornecidos por Paul Czodrowski. · Actualizado inputgen.py para escrever o potencial eletrostática para arquivo de entrada APBS. · Actualizado CHARMM.DAT com dois conjuntos de parâmetros fosfoserina. · Estimação amino cadeias de ácidos com apenas um resíduo, utilizando---assign única opção. · Actualizado server.py.in para que a opção ligante também é gravado em usage.txt. · Actualizado HE21, HE22 coordenadas em GLN de acordo com os resultados do programa AMBER Leap. · Actualização Makefile.am com o remendo de Manuel Prinz (distclean2 removido e anexa o seu conteúdo para distclean-locais). · Configure.ac Atualizado, pdb2pqr-opal.py; acrescentou AppService_client.py e AppService_types.py com as mudanças de Samir Unni, que fixa os problemas anteriores em invocar serviços Opal. · Applied dois emplastros de Manuel Prinz para pdb2pka / pMC_mult.h e pdb2pka / ligand_topology.py. · Actualizado PARSE.DAT com a fonte de parâmetros. · Criado uma pasta contrib com o pacote de numpy-1.1.0. PDB2PQR irá instalar numpy por padrão, a menos que qualquer uma das seguintes condições: a. versão de trabalho do NumPy dectected por autoconf. b. Usuário solicita nenhuma instalação com a opção --disable-pdb2pka. c. O usuário especifica a instalação NumPy externo. · Fundido ramo de Samir Unni. Agora serviços PDB2PQR Opal e APBS Opal estão disponíveis (através de opções --with-opala e / ou --with-APBS, --with-APBS-opala na fase Configurar). · Tratamento de erros adicional para o nome resíduo mais tempo do que 4 caracteres. · Actualizado hbond.py com definições de Mike Bradley para ANGLE_CUTOFF e DIST_CUTOFF por padrão. · Removido PyXML-0.8.4, que não é necessário para a instalação ZSI. · Mensagem de erro propka Atualizado para fazer adv-test - propka requer uma versão do compilador Fortran. · Na.py Actualização e PATCHES.xml de modo a que os punhos PDB2PQR três letras nomes de resíduos de ARN (ADE, Cit, GUA, Thy, e URA) bem. · Actualizado NA.xml com HO2' adicionado como um nome alternativo para H2 '', e H5" adicionado como um nome alternativo para H5 ''. · Actualizado números de versão em html / e doc / pydoc /. · Servidor web atualizado. Ao selecionar arquivo forcefield definido pelo usuário do servidor web, os usuários também devem fornecer arquivo .names. · Removido http://enzyme.ucd.ie/Services/pdb2pqr/ da lista de servidores web. · Eliminou a necessidade de proteína durante o processamento de outros tipos (ligandos, idos nucleicos). · Psize.py atualizado com patches de Robert Konecny para corrigir atribuição inconsistente de números grade fina em alguns (muito) casos raros. · Opção espaços disponibilizados para ambas as versões de linha de comando e servidor web. · Actualizado inputgen_pKa.py com a versão mais recente. Correções de bugs: Corrigido um bug legado com o servidor web (servidor web não gosta de arquivos ligante gerados em plataformas Windows ou Mac OS idade). Corrigido um bug no configure.ac, de modo que PDB2PQR já não verifica Numpy.pth na fase de configuração. · Actualizado pdb2pka / substruct / Makefile.am. Corrigido bug isBackbone em definitions.py. Corrigido um bug de resíduos carboxílicos em hydrogens.py. Corrigido um erro no routines.py, o que causou hidrogénios adicionados em LEU ILE e na conformação eclipsada, em vez de alternada. Corrigido um erro no configure.ac, agora é OK para configurar com barras duplas no caminho prefixo, por exemplo, --prefix = / foo / bar // outro caminho /. Corrigido um erro no sistema de nomenclatura de ácido nucleico. Corrigido um bug envolvendo MET, GLY como NTERM, CTERM com opção --ffout. Corrigido um erro para PRO como C-terminal com PARSE campo de força. Corrigido um bug para ND1 Em seu hacceptor como. Corrigido o bug opção --clean. Corrigido um bug no esquema de nomenclatura CHARMM. · Corrigido um bug no Test.cpp do teste simples (que está relacionado às modificações recentes de 1AFs no banco de dados de proteína).

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