OpenMs. Um quadro de código aberto para espectrometria de massa
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OpenMs. Classificação e resumo

OpenMs. Tag

gerir estrutura estrutura de espectrometria Gerenciamento de dados LC / MS Análise de dados LC / MS espectrometria

OpenMs. Descrição

Um quadro de código aberto para espectrometria de massa OpenMs é uma biblioteca C ++ de software de código aberto que irá ajudá-lo em gerenciamento e análise de dados LC / MS. O OpenMs oferece uma infraestrutura para o desenvolvimento de software relacionado à espectrometria de massa.Openmas cobre uma ampla gama de funcionalidades necessárias para o desenvolvimento de software quando se trata de análise de alta separação de proteína de rendimento e dados relacionados à espectrometria de massa. Processamento de sinal: · Análise de alta taxa de transferência de proteínas usando a espectrometria de massa requer um processamento de sinal eficiente que reduz a quantidade de dados com perda mínima de informações. Os picos devem ser detectados, e características importantes como a sua posição de pico centróide, a altura e a área devem ser determinadas. · Para pico de pico, propomos um esquema baseado em wavelet para o processamento de dados de espectrometria de massa que é capaz de lidar com As dificuldades representadas por aplicativos em proteômica. · Muitas vezes, várias etapas de pré-processamento são aplicadas a dados brutos antes da coleta de pico real. OpenMs também suporta redução de linha de base e filtragem de ruído de dados brutos. Encontrar: · Após a primeira redução de dados por pico de pico, nossa abordagem é reduzir ainda mais a quantidade de dados. Isso é feito determinando todos os picos pertencentes ao mesmo "recurso" (uma entidade química, por exemplo, uma carga peptídica variante) e ajustando um modelo teórico para eles. Um valor de qualidade é atribuído a cada recurso em relação à sua medição em cada dimensão de caracterização, e. Seu perfil de eluição (tempo de retenção) e distribuição isótopo (massa para carga). · Os recursos são então usados para quantificação rotulada e rotulada de isótopo. Visualização: · OpenMs pode visualizar dados HPLC-MS em várias exibições diferentes. Solteiras podem ser exibidas em um enredo 2-dimensional. Os mapas mais complexos, podem ser exibidos em uma visão 2D (vista para as aves com intensidades codificadas por cores) e mesmo em uma visão 3D. As representações dos dados são altamente configuráveis e, portanto, podem ser reutilizadas em muitos aplicativos. · As imagens à direita são capturas de tela do 'TopPview', um MS Data Viewer que faz parte do Topp. Mapeamento do mapa: · Muitos experimentos proteômicos consistem em várias corridas de HPLC-MS. As corridas devem estar alinhadas para corrigir problemas em cromatografia. O mapeamento de mapa é o processo pelo qual os mapas de picos ou recursos de diferentes medições são sobrepostos. · O primeiro passo é encontrar uma transformação que move recursos de um mapa perto de recursos correspondentes no outro. Uma abordagem padrão de hash geométrica é suficiente na maioria dos casos. · Na segunda etapa, determina um combinamento combinatório e extrair grupos de características correspondentes para análise diferencial. Identificação: · A identificação de peptídeos e proteínas é uma das principais tarefas da pesquisa proteômica. OpenMs pode ler e escrever os formatos de dados dos mecanismos de identificação mais populares, e. Sequest, Mascot, OMSSA, X! Tandem. Estruturas de dados para aquela armazenamento Os dados para análise posterior dos resultados de identificação estão disponíveis. · Openms pode, e. Filtrar os resultados de identificação, compute resultados de consenso de vários motores de identificação. Além disso, as identificações podem ser validadas usando a previsão de tempo de retenção. Suporte ao banco de dados: · Altas tecnologias de taxa de transferência em proteômica moderna resultam em muitos dados que precisam ser anotados, analisados e armazenados. A enorme quantidade de dados torna o suporte de banco de dados uma característica essencial de quase todos os aplicativos proteômicos.OpenMs oferece suporte ao banco de dados através do módulo QT SQL, que permite o uso de uma variedade de bancos de dados SQL diferentes. · O modelo de banco de dados de Openms está em conformidade para o modelo Hupo PSI-OM.

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