Novocraft Uma série de programas projetados para alinhamento preciso e de alta velocidade de leituras curtas para referência aos genomas.
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exibição visualizar Genoma visualize o genoma. Alinhamento do genoma exibir genoma

Novocraft Descrição

Uma série de programas projetados para alinhamento preciso e de alta velocidade de leituras curtas para referência aos genomas. O Novocraft é um pacote que fornece uma série de programas projetados para alinhamento preciso e de alta velocidade de leituras curtas para referência aos genomas. Novas características incluem o uso de qualidades básicas nas leituras e códigos nucleotídicos ambíguos nas seqüências de referência para alinhamento. Aqui estão algumas características principais de "Novocraft": NovoAlign - Nosso alinhador para leitos curtas finais e pares emparelhados: · Suporte para arquivos de entrada gzipped (versão comercial somente, solicite uma licença de teste aqui.) · 5 'opção de decapagem do adaptador (somente versão comercial) · Multi-threaded para desempenho extra (versão comercial apenas) · Alinhamento de Needleman-Wunsch assistido com índice completo com penalidades de afins e pontuação baseada em qualidade · Phred Style Scoring e Qualidades de Alinhamento · O NovoAlign também é capaz de fornecer suporte para o processo de alinhamento iterativo. · Genoma indexado carregado em memória compartilhada para reutilização em multiprocessamento · Pode usar FASTA, FASTQ, Solexa Fastq Fastq, formatos de entrada PRB. · Para leituras com vários alinhamentos bons podem relatar: Nenhum; um por seleção aleatória; ou todos os alinhamentos. · Também uma opção para relatar todos os alinhamentos até algum máximo de pontuação Phred P (R | AI) · Probabilidade de alinhamento posterior (pontuação de qualidade) e filtro. · Suporta mascaramento de minúsculas do genoma. · Suporta variação de comprimentos de leitura · Adaptador decapagem para pequenos RNA lê · Aparação de leitura iterativa · Integração com maq usando 'Novo2MAQ' · Needleman - Wunsch em ambas as extremidades. Ambas as extremidades podem ter lacunas. · Aceita uma penalidade de variação estrutural e o melhor alinhamento pode ser duas extremidades independentes se a pontuação total com a penalidade SV é melhor do que o melhor par que se encaixa na distribuição do comprimento do fragmento. · Tamanho inicial do comprimento do fragmento inserido como média e desvio padrão. Depois disso, o programa aprende com comprimentos reais de fragmentos de pares de alta qualidade, ajustando gradualmente a distribuição de comprimento de fragmentos e as penalidades para corresponder aos alinhamentos reais. · Este alinhador não é adequado para leituras de 454 ou abi sólido. NOVOBARCODE (BETA) - NOVOBARCODE classifica lê de acordo com as tags "código de barras": · Classificação usa valores de qualidade base. · O formato PRB, FASTA ou FASTQ de Classidade pode lê. · Pode classificar a extremidade única ou leitos finais emparelhados. Novo2MAQ - Um utilitário de conversão para converter relatórios do NovoAlign no formato MAQ MAP: · Esta ferramenta é baseada no código-fonte MAQ e fornecido como arquivos de origem. Ele permite o uso de utilitários maq para processamento pós-alinhamento. · Novoindex - Novoindex constrói um índice K-Mer de um conjunto de sequências de referência que são então alvo para os programas de alinhamento. · A sequência de referência é codificada 4 bits por base no índice. A estrutura do índice retém e indexos redundantemente, até dois códigos ambíguos de Iub por K-Mer. Isso é especialmente útil em alguns genomas vegetais e microbianos que têm uma proporção significativa de códigos de NA ambíguos. · Uma opção de mascaramento de letras minúsculas limita a indexação do K-Mer para códigos de NA maiúsculas. Alinhamentos, especialmente a extremidade pareada pode se estender em regiões minúsculas. · Onde o uso de memória é crítico, o índice pode pular k-mers sem impacto na sensibilidade de alinhamento. Por exemplo, é possível indexar apenas a cada 5º 14-Mer. Isso permite que um índice do genoma humano seja construído em 6gbytes ou menos de RAM. (k = 14, s = 3) · A sensibilidade e a especificidade dos programas de alinhamento não são afetados pelo comprimento do índice K-Mer. O que há de novo nesta versão: · Precisão melhorada de escores de qualidade para leituras finais pareadas.

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