Marvin Um incrível software de química baseado em Java que definitivamente irá ajudá-lo em sua pesquisa.
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Marvin Classificação e resumo

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visualizar editar empate Visualizador Molécula. Desenhe estrutura química Editor Molécula.

Marvin Descrição

Um incrível software de química baseado em Java que definitivamente irá ajudá-lo em sua pesquisa. O Marvin é um software de química baseado em Java, disponível em várias formas: · Os applets Marvin são criados para o desenvolvedor da Web que constrói sites de Internet / Intranet química. O pacote contém: · Marvinsketch / Swing e Marvinview / Swing: Applets para editar e visualizar moléculas em uma página da Web. Eles são confiáveis, portanto, eles podem usar recursos do sistema local, e. Para abrir arquivos da máquina local, para salvar o arquivo para a máquina local, use a área de transferência do sistema da máquina local · Java, JavaScript e C Fonte para compressão de Molfile · Marvin Beans são feitos para o desenvolvedor de software incorporar recursos de desenho ou visualização de moléculas em um aplicativo Java. O pacote contém Marvinsketch e Marvinview como JavaBeans. · Marvinsketch e Marvinview são pedidos para o químico ou qualquer outra pessoa que queira desenhar ou visualizar estruturas químicas.Marvin pode lidar com moléculas em vários formatos de arquivo, incluindo MDL Mol, Mol comprimido, Sorrisos exclusivos, CML, XYZ, SMARTS, SYBYL MOL, PDB, pov-ray.O applets Marvin suportam uma ampla gama de plataformas Java, desde Java 1.3.1 às últimas versões. Eles trabalham em navegadores da Web mais antigos, mas se eles se encontrarem em um navegador moderno, eles automaticamente utilizam recursos java mais recentes.Marvin é altamente configurável e controlável através de parâmetros de applet e o método Java / Javascript Chamadas.Marvinsketch tem muitos recursos avançados raramente ou nunca encontrados em Outros programas, como estruturas recentes, colocação de fragmentos visuais, redução de ambigüidade e desfazer / refazer multi-nível. Marvinsketch foi o primeiro programa de desenho de estrutura a introduzir a colocação de fragmentos visuais (1998) e as recentes estruturas (1999) .MarvinView pode exibir uma molécula 2D ou 3D, ou muitas moléculas em uma tabela. Uma tabela de moléculas também pode conter componentes da GUI: etiquetas de texto, botões, caixas de seleção. Caixas de seleção e botões podem acionar as chamadas JavaScript do Applet Java, os botões também podem acionar o carregamento de script CGI. O Applet possui um menu pop-up, mas o usuário também pode visualizar uma molécula em uma janela separada que possui uma barra de menu comum. Uma janela do visualizador pode ser facilmente transformada em uma janela Marvinsketch, portanto, o usuário pode até mesmo editar a (s) molécula (s) .Marvin pode ser equipado com ferramentas de cálculo químico personalizadas pelos serviços integrados de plugin. Os plugins são carregados dinamicamente mediante solicitação salvando o tempo de download e os recursos do sistema.Note: Você deve se registrar no site do desenvolvedor, a fim de baixar aqui alguns recursos principais de "Marvin": Todos os três programas estão disponíveis em duas formas: · Applet para editar e visualizar estruturas em uma página da web · Aplicativo Java Standalone · Marvinsketch e Marvin Ver suporte · Estereochemistry, · Grupos abreviados e vários grupos, · Reações, · 2d e 3d limpeza, · Isotopes, · Exibição de átomos de h implícitos, · Aromatização e aeromatização de moléculas. Plugins estão disponíveis: · Plugin de análise elementar · Protonação: pka, grandes microespecias, ponto isoelétrico · Particionamento: logp, logd · Carga: carga, polarização · Isómeros: tautómeros, ressonância, estereoisómeros · Conformação: Conformadores, Dinâmica Molecular · Geometria: análise de topologia, geometria, área de superfície polar (PSA), área de superfície molecular (MSA) · Outros: Hidrogen Bond Donor-Acceptor (HBDA), Análise de Huckel, Refractividade · Recursos de importação / exportação em Marvinsketch e Marvinview · Vários formatos de arquivo molécula são suportados. · O arquivo da molécula também pode ser visualizado ou editado não graficamente, em qualquer um desses formatos baseados em texto. · Exportação de imagem JPEG, PNG, PPM e SVG. · Outras características · Copie e cole, arraste e solte (na versão Swing). · Parâmetros de applet para modificar a aparência Marvinsketch: Quimicamente inteligente: · Define acusações e átomos de H de acordo com as regras de valência enquanto você desenha · Advertir por erros de valência · Tabela periódica · Acesso rápido às estruturas de modelo. · Criando modelos definidos pelo usuário arrastando e caindo sobre os botões de modelo. Suporte de pesquisa de subestrutura: · Query Atom Tipos: "qualquer átomo", lista de átomo "heteroátomo", 'não' lista, inteligente átomo · Query Tipos de títulos: "qualquer", "single ou duplo", "solteira ou aromática", "duplo ou aromático", topologia de títulos ("cadeia", "anel"), centro de reagir ("centro", "fazer ou quebrar "," mudança "," fazer e mudança "," não centro "), expressões de títulos de smarts (características: - = # :; e,! /?? @) · Propriedades da SMARTS: Contagem de hidrogênio, valência, conexões (x), contagem de anel, associação ao anel, menor tamanho de anel, aromáticos e alifáticos. Grau, contagem implícita de hidrogênio · Expressões Atom Smarts: Expressões lógicas (; e,!), Smarts Recursivos ($ ()) · Grupos R, condições de grupo R. Suporte de criação de grupos: · Grupos abreviados e vários grupos (com contagem de repetição). · Objetos gráficos podem ser inseridos: linhas, arcos, setas, retângulos, caixas de texto. · Interface de usuário inteligente · Menus pop-up. · Desfazer / refazer multi-nível. · Seleção de retângulo e laço. · Zoom in e out. · Área de visualização maximizável (modo de visualização). · Destacável da página da Web. · Layout alternativo. · Rotação inteligente de · Botões de modelo ao arrastar, · Modelos ao ingressar, · Seleção. · Ramificando em um único clique · Fácil de recordar atalhos de teclado para · Todos os tipos de elemento (C para carbono, C-L para cloro, etc.), · 8 tipos de títulos (1 para single, 2 para duplo, 1-2 para "único ou duplo", etc.), · Grupos abreviados, · Modelos, apagar o modo, desfazer, refazer, etc. · Alinhamento horizontal / vertical para ligação especificada. · Lançamento horizontal / vertical. · Documento molecular multicate para o manuseio de documentos grandes. · Estruturas recentes · Últimas modelos, tipos Atom, peças de cópia / coladas podem ser acessadas rapidamente (do menu pop-up), para aliviar a criação de muitas moléculas semelhantes. · "Limpeza em tempo real" · Ângulos e comprimentos quantizados, · Colocação e deslocamento de fragmentos inteligentes - move / rotação automática para se juntar perfeitamente, · Mescha átomos próximos, · Exclui títulos ambíguos. · Colocação visual do fragmento · Os modelos são imediatamente mostrados depois de pegar. · Destaques os pontos de junção, · Os átomos a serem mesclados e · Os títulos a serem excluídos. · Customizável · Crie seus próprios modelos. · O uso de tipos de átomo e títulos pode ser permitido ou não permitido. Marvinview: Características 3D: · Wireframe, "bola e palito", estilos de renderização do spaceefill, · Rotação 3D animada, · Arquivos XYZ animados, · Animação salvando em uma seqüência de arquivos de imagem (apenas no aplicativo), · As ligações podem ser regeneradas com o comprimento de corte especificado pelo usuário (somente na versão do Swing) · Molécula Tabelas para exibição rápida de muitos resultados de pesquisa em um applet. · Etiquetas definidas pelo usuário, botões, caixas de seleção, imagens. · As chamadas CGI ou JavaScript foram acionadas por pressões de botão e alterações do estado da caixa de seleção. · Zoom de moléculas em janelas separadas. · Marvinsketch pode ser lançado para editar a molécula visualizada. · Menu popup. Marvinspace: · Visualização 3D de moléculas · Desenhar tipos: wireframe, bola, palito, spaceefill · Modos de cor: CPK, resíduo, cadeia, constante · Etiquetas: etiquetas de átomo, rótulos de resíduos, rótulo de estrutura secundária, etiquetas editáveis, coloração de etiquetas · Configurações de propriedade: Radii, Cores, Esquemas de cores, Controles Keys, Controle de mouse · Visualização aprimorada · Cue de profundidade opcional, controle interativo do início da neblina e no final da névoa · Planos de recorte, tradução interativa de planos de recorte próximo e distante · Linha e Poligon Anti-Aliasing · Manipulação 3D. · Cena: rotação, tradução e zoom · Componente: tradução, rotação, dimensionamento · Seleção de componentes individuais, ocultar, mostrar, excluir, fade · Vista múltipla de célula, transformações sincronizadas de células · Monitores e controles · Medições de geometria: distâncias, ângulo de ligação, ângulo di -edral · Controles: Traduzir, girar moléculas individualmente, altere o ângulo di -edral interativamente · Todos os monitores são atualizados enquanto os componentes ou controles estão sendo alterados · Macro moléculas · Reconhecimento de componentes e classificação: cadeias, ligandos, íons, moléculas de água · Fácil acesso a componentes individuais · Visualização de estrutura secundária (desenho animado, fita) e coloração · Superfícies moleculares · Vários tipos de superfície: van der waals, solvente acessível, connolly superfície; superfície blobby. · Cálculo de superfície rápida, representação precisa · Vários modos de exibição: pontilhados, malha, preenchidos, transparentes · Coloração: Por tipo de átomo, tipo de resíduo, tipo de cadeia, fator B e outras propriedades atômicas; potencial eletrostático e outros dados volumétricos · Mapeamento de propriedade personalizável, interpolação de propriedade, superposição de propriedade, mistura de cores · Superfícies ISO, corte interativo O que há de novo nesta versão: Novos recursos e melhorias: · Marvinsketch · O grupo de flechas é reestruturado na barra de ferramentas e na menubu (tópico do fórum). · O menu Inserir> Grupos é substituído por uma caixa de diálogo mais conveniente. · Importar / exportar · Sorrisos exclusivos devem implicatar hidrogens planas (tópico do fórum). · Plugins da calculadora. · O código de marcação exclusivo pode ser gerado para cada estrutura enumerada. · Os cálculos LogP e Logd são significativamente mais rápidos. · API. · Novos métodos em Chemaxon.Beans.MviewPane: IsViewWindowOpted (int), IssketchWindowopen (Int) e Closesketcher (INT). · PDBreader e aulas relacionadas foram movidas de Chemaxon.modules para chemaxon.marvin.io.formats.pdb. · Macromolécula e aulas relacionadas foram movidas de Chemaxon.modules para Chemaxon.stru. BugFixes: · Marvinsketch · O layout da cópia como ... O diálogo é polido. · O botão do sistema periódico permaneceu pressionado na barra de ferramentas, mesmo após a caixa de diálogo fechada. · O Atom> Estéreo> Atom> Atom, Atom, Atom> Mapa, Atom> Os menus do grupo R são substituídos por diálogos mais convenientes. (tópico do fórum) · Ctrl + Del em Marvinsketch não excluía as propriedades. · Licenças · A licença de comando -l produziu má saída, não listando licenças corretamente instaladas. · Plugins da calculadora. · Ao usar os plugins da calculadora, a janela de resultados de um cálculo anterior às vezes reapareceu (tópico do fórum). · Plugin de análise de Huckel jogou exceção se a molécula de entrada contivesse hidrogênios explícitos.

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