Malva Constrói vários alinhamentos múltiplos de seqüências de genoma rearranjado
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Malva Classificação e resumo

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construir alinhamento alinhamento de construção Sequência do genoma. Genoma retraído rearrange.

Malva Descrição

Constrói vários alinhamentos múltiplos de seqüências de genômicas rearranjadas O malva é um sistema para construir eficientemente os vários alinhamentos do genoma na presença de eventos evolucionários em larga escala, como rearranjo e inversão. O alinhamento de genoma múltiplo fornece uma base para pesquisa em genômica comparativa e o estudo da dinâmica evolutiva em uma nova escala. Alinhando genomas inteiros é um problema fundamentalmente diferente do que alinhar seqüências curtas.Mauve foi desenvolvido com a ideia de que um alinhador de genoma múltiplo deve exigir apenas recursos computacionais modestos. Malva emprega técnicas algorítmicas que dimensionam bem na quantidade de seqüência sendo alinhada. Por exemplo, um par de genomas de Y. Pestis pode ser alinhado em menos de um minuto, enquanto um grupo de 9 genomas enterobacterianos divergentes pode ser alinhado em poucas horas. O que há de novo nesta versão: Novas características: · Compatibilidade com versões mais antigas do Mac OS X Defeitos consertados: · A saída SNP agora lida com arquivos de seqüência de caixa mista e caracteres lacrimais · O uso de memória de alinhador foi simplificado, resultando em requisitos de memória reduzidos para alinhamentos com muitos genomas · Corrigir para bug que impedia que reordenasse genomas de projecto de formato genbank na linha de comando · Corrigido uma falha ao gerar mães · Relatar um erro quando seqüências contendo lacunas são usadas como entrada · Remova novas linhas novas na saída de alinhamento do ortólogo · Corrigido um erro de desenho de retângulo OpenJDK

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