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Permite analisar e visualizar os dados de sequenciamento da próxima geração. CLC Genomics Workbench Nossa nova solução para analisar e visualizar os dados de sequenciamento de próxima geração. O CLC Genomics Workbench incorpora tecnologia de ponta e algoritmos, enquanto também suportam e integrando com o restante do seu típico NGS Workflow.clc Genomics Workbench é muito rápido e permite que você faça referência de genomas de qualquer tamanho - o único limite é o valor. de RAM na máquina executando o software. O CLC Genomics Workbench também é capaz de suportar a detecção do SNP, a montagem de Novo e um grande número de análise a jusante. Aqui estão algumas principais características da "CLC Genomics Workbench": · Montagem de Novo de Sanger, 454, Analisador Genoma Illumina, Helicos e dados sólidos. · Assembleia de referência do Sanger, 454, Illumina Genome Analyzer, Helicos e dados de sequenciamento sólido. · Montagem de referência de conjuntos de dados mistos (e.g. 454 e analisador de genoma Illumina). · Montagem de referência de genomas de qualquer tamanho. · Montagem de dados de leitura padrão e suporte para montagem de leituras finais emparelhadas / par de mate lê de qualquer tecnologia de sequenciamento. · Ferramentas gráficas avançadas para detecção de mutações e rearranjos em larga escala. · Leituras únicas - cobertura e conflitos. · Dentes emparelhados lê - visão gráfica. · Dentes emparelhadas - inserções e exclusões. · Dimados emparelhados - Duplicações e inversões. · Suporte para sequenciamento multiplex por nome do arquivo. · Suporte para sequenciamento multiplex por tag específica de amostra. · Mascaramento de montagem de referência baseada em anotações como e. exons. · Integração com as soluções de computação de alto desempenho do CLC Bio, fazendo assemblies muito rápido. · Visualização interativa e capaz de ampliar de conjuntos de genômicos, incluindo sequenciamento de leituras, dados de qualidade e seqüências de referência. Integração total dos espectadores com as análises a jusante. · Relatórios de qualidade e estatísticas sobre dados brutos. · Este assistente é usado para lidar com dados de sequência marcados paralelos. O uso de amostras marcadas pode aumentar drasticamente o rendimento de sequenciamento de sequenciadores de próxima geração . A análise desta amostra de dados mistas é feita pela Genomics Workbench. · Matthias Meyer, Udo Stenzel e Michael Hofreiter, "Paralelamente marcou sequenciamento na plataforma 454", protocolos da natureza 3, - 267 - 278 (2008) · Este assistente é usado para lidar com dados de sequência marcados paralelos. · Filtragem e corte de leituras. · Detecção avançada do SNP. · Relatórios SNP. · Suporte para integração com o banco de dados CLC BioInformatics. Requisitos: · RAM de 256 MB necessária. · 2 GB de RAM recomendado. · 1024 x 768 Exibição recomendada. · A visualização 3D requer um driver de gráficos OpenGL 3D (incluído em quase todas as placas gráficas). · Montagem e análise de genomas de até 10 mega-bases: 2 GB de RAM necessária; RAM de 4 GB recomendado. · Assembléia e análise de genomas maiores: 2 GB de RAM necessária; RAM de 8 GB recomendado. · Computador de 64 bits e sistema operacional recomendado para mais de 2 GB de RAM. Limitações: · 30 dias período de teste. O que há de novo nesta versão: · Alinhamento global para listas longas ao executar o algoritmo de montagem de referência · Alinhamento de espaço cor de cor quando executando o conjunto de referência · A velocidade significativamente melhorada de todas as operações com grandes conjuntos de dados Análise de RNA-SEQ: · Otimização de desempenho: Uma corrida de 44 mio lê contra o genoma do mouse agora leva 32 minutos em um computador de oito núcleos com 32GB de RAM. Isso costumava ter mais de duas horas. Com a versão anterior, muitos pequenos arquivos temporários foram criados e excluídos, e isso levou muito tempo e impactou a capacidade de resposta geral da comparação. Em comparação, apenas uma pequena fração de arquivos temporários é criada com a nova versão. · Nova opção para especificar o mínimo requerido exon-sobreposição de leituras que abrangem uma junção Exon-Exon. Consulte Mais informação... · Novo relatório RNA-SEQ que fornece visão estatística do processo de montagem. Consulte Mais informação... · A tabela de resultados agora relata o número de leitos de junção exon-exon e intron-exon. · A tabela de resultados agora relata a localização do cromossomo dos genes. Consulte Mais informação... · Visualização de leituras que expandem junções exon-exon. Consulte Mais informação... · Lê o mapeamento igualmente bem para os limites intron-exon e exon-exon agora são identificados como leituras únicas de exon-exon. · RPKM é melhor definido no manual do usuário. Consulte Mais informação... · Configuração padrão para multi-hits é agora 10 como no papel Mortazavi Leia mais ... · Leituras muito curtas agora são montadas permitindo mais incompatibilidades. Análise de expressão: · Parcelas Vulcão: agora você pode escolher os valores para enredo no eixo x. Escolha entre "diferença" e "mudança Fold". Consulte Mais informação... · Vista Tabela de barras terrenos mostra os mesmos intervalos de tempo como são mostrados no gráfico de barras. · Importador genérica para os dados de matriz de expressão em formato tabular. Consulte Mais informação... · Importador genérica para os dados experimentais de anotação expressão em formato tabular. Consulte Mais informação... arquivos · Gene Ontology (GO) agora pode ser usado para anotar um experimento expressão. Consulte Mais informação... · Tag profiling: Você já não estão autorizados a amostras tag anotar, apenas experimentos · Painel lateral da tabela experimento foi re-organizado para proporcionar melhor visão. Consulte Mais informação... Importação de alto débito de dados de sequenciação: · Ferramenta de importação passou de Toolbox para menu Arquivo e barra de ferramentas. Consulte Mais informação.. · Importação e exportação do formato de alinhamento SAM. Consulte Mais informação... · Importação de dados de alinhamento em formato delimitado por separador, incluindo o formato de alinhamento ELAND. Consulte Mais informação... · Importação de formato de arquivo Illumina QSEQ. Consulte Mais informação... · Linker em 454 dados também são encontrados para não-perfeito corresponde Leia mais ... visualização melhorada do contigs: · Nucleótidos Un-alinhadas no lado de dentro de extremidade emparelhado-leituras são agora mostrados · Emparelhados-fim lê têm uma única linha que liga o par em vez de lacunas · Alças de arrastar para mover a fronteira alinhado / desalinhada só são exibidos quando você pode ver as bases da lê. Isso significa que você precisa ter ampliado a 100% ou níveis de compacidade mais e escolhidos "Não compacto" ou "Low". Caso contrário, as alças para arrastar não estão disponíveis (isto é feito, a fim de tornar a visão geral mais simples). Consulte Mais informação.... · É possível exibir os pares que se sobrepõem · A desmontado lê a partir de uma montagem agora preserva o seu estado-end emparelhado (Isto também significa que você pode obter duas listas - uma com pares e outro com o restante dos pares quebrados · Mesa de saída de detecção de SNP agora relata se existirem vários SNPs não-sinimos no mesmo codão · Diálogo de detecção de SNP: filtragem de qualidade já não é desativada quando índices de qualidade estão em falta. Devido a problemas de desempenho não é possível verificar se índices de qualidade estão presentes. A detecção SNP só vai omitir o índice de qualidade de filtragem, se índices de qualidade não estão presentes. · SNP detecção: possível detectar variantes com frequência inferior a 1 por cento. · Relatório Contig agora inclui informações sobre a cobertura para ambas as regiões abrangidas e referência todo. Consulte Mais informação... · Sequência consenso Abertura incluindo lacunas também irá colocar Ns antes da sequência de consenso é iniciado e após o seu término · A funcionalidade guarnição agora inclui a opção de aparar a um número pré-definido de nucleótidos de qualquer uma das extremidades de uma leitura. Consulte Mais informação... · Gateway de clonagem. apoio simples e fácil de usar para a criação de clones de entrada e de expressão Gateway. Consulte Mais informação... · Procurar jogos entre todos os seus iniciadores salvos. O Find Encadernação Sites ferramenta tem sido muito melhorada agora permitem pesquisar entre todos os seus iniciadores. Além disso, você também terá uma saída tabular dos sítios de ligação e possíveis fragmentos. Consulte Mais informação... · In silico de PCR: criar o produto de PCR com base no par de iniciadores e a sequência modelo (incluindo extensões de iniciadores). Como parte da melhoria Find Encadernação Sites e ferramenta Criar Fragments, você pode extrair o produto PCR a partir da lista de fragmentos por meio de um menu do botão direito. Consulte Mais informação... · Verifique especificidade primer. Como parte da melhoria Find Encadernação Sites e ferramenta Criar Fragments, você pode procurar com um par de primers em uma lista de sequências alvo em potencial e ver uma tabela geral de sites e incompatibilidades, bem como fragmentos de PCR potenciais vinculativo. Consulte Mais informação... Desdobramento, desenvolvimento: · Você pode definir um caminho para a localização de dados padrão usado quando o Workbench é iniciado pela primeira vez. Este é um recurso para ajudar a controlar os administradores de sistema, onde novas instalações por padrão salvar seus dados. Consulte Mais informação... · Suporte para a remoção ferramentas que acessam a internet (NCBI BLAST, notificações de atualização etc). Consulte Mais informação... geral de importação e exportação: · Suporte para importação de regiões complexas a partir de arquivos GFF · Tabelas de exportação e relatórios em formato Excel. · Seção Importar manual re-estruturado para proporcionar uma melhor visão geral Leia mais .... importadores de dados Expressão são agora descritos em detalhes técnicos em uma seção separada Leia mais .... · Você agora pode exportar várias listas de seqüência em formato fasta · Importação Forçado de arquivos zip é agora suportado (forçará importação o conteúdo do arquivo zip) · A importação padrão agora aceita arquivos gzip e alcatrão, bem como zip · Se uma importação forçada falhar, haverá informações mais técnicas sobre o que deu errado, permitindo identificar a má formatação dos arquivos de importação · Tanto o genbank e o importador GFF agora fazem várias tentativas de nomear genes que não têm um nome genético. Iterativamente tentar os seguintes qualificadores: "produto", "locus_tag", "protein_id" e "transcript_id" · Ao importar arquivos Genbank, onde o comprimento declarado não corresponde à seqüência real, um aviso é mostrado, mas a sequência é aceita. · Ao exportar no formato CSV, as configurações de localidade são usadas para determinar se vírgulas ou semi-colons devem ser usadas como delimitador (vírgula usada para localidades dos EUA) · Plug-in do GFF foi atualizado para aceitar anotações complexas Diversos: · Retipagem avançada de anotações usando a tabela de anotação. Consulte Mais informação... · Melhor relatório de situações em que um disco completo impede a economia de dados · O download de seqüências usando arrastar e soltar da tabela de pesquisa não cria mais um nó "download ..." na pasta. O processo de download pode ser monitorado na guia Processos. · O projeto de primer agora suporta fragmentos de PCR por mais de 5000 pb. · Extrair sequências movidas do arquivo manu para caixa de ferramentas -> análise de seqüência geral. Consulte Mais informação... · Melhor feedback de progresso em vários diálogos Correções de bugs: · Problema com ordem de genes ao criar experiências de RNA-SEQ. Se a ordem das sequências de entrada não for a mesma para todas as amostras, o experimento seria errado. · Corrigida orientação errada de dados de parto sólido · Problema fixo com a nomeação de guias. A correção significa que, no Windows e no Linux, os dados não salvos agora recebem um * em vez de fazer o nome da tabulação em negrito e itálico. (Isso sempre foi o comportamento no Mac OS X). · Problema fixo exibindo o rótulo "Copiando ..." ao copiar dados e atualizando a pasta · Etiqueta enganosa ao montar lê mais curto que 15 pb. Agora diz que essas leituras serão ignoradas na assembléia

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