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Aplicativo de plataforma cruzada para a análise Bayesiana MCMC de sequências moleculares Besta (Análise Evolucionária Bayesiana, árvores de amostragem) é um aplicativo gratuito e aberto para a inferência evolutiva de seqüências moleculares.Beast é um aplicativo de plataforma cruzada para a análise Bayesiana MCMC de sequências moleculares. Beast é inteiramente orientado para os filogenios enraizados, medidos por tempo, inferidos usando modelos de relógio moleculares rigorosos ou descontraídos.Beast pode ser usado como um método de reconstrução de filogenias, mas também é uma estrutura para testar hipóteses evolucionárias sem condicionamento em uma única topologia de árvore. Besta usa a MCMC para a média do espaço da árvore, de modo que cada árvore é ponderada proporcional à sua probabilidade posterior. Aqui estão algumas características importantes da "besta": · Modelos de relógio molecular de taxa constante. · Este é o modelo padrão. A árvore pode ser calibrada especificando uma taxa de mutação. · Taxa variável (relaxamento) modelos de relógio molecular. · Implementa os modelos de relógio descontelecidos de Drummond, Ho, Phillips e Rambaut (2006, Plos Biology) vêem abaixo para a citação completa. · Estimativas de data de divergência. · Datas de divergência para ancestrais comuns mais recentes específicos (MRCA) podem ser estimados. · Sequências não contemporâneas (! Tipdate) modelos de relógio molecular. · Quando as diferenças nas datas associadas às sequências compreendem uma proporção significativa da idade de toda a árvore, essas datas podem ser incorporadas ao modelo, proporcionando uma fonte de informação sobre a taxa de substituição. · Heterogeneidade do modelo de substituição em sites. · Modelos de substituição diferentes podem ser especificados para diferentes conjuntos de sites. Por exemplo, cada posição de códon pode ser permitida uma matriz de substituição diferente e modelo gama de heterogeneidade da taxa. · Especificação de modelo flexível. · O formato de arquivo de especificação de modelo permite flexibilidade considerável. Por exemplo, é possível especificar que cada posição de códon tenha uma taxa diferente, um grau diferente de heterogeneidade da taxa, mas a mesma relação transição / transversão. · Gama de modelos de substituição. · Besta (árvores de amostragem da análise evolutiva bayesiana) é um aplicativo gratuito e de código aberto para inferência evolutiva de sequências moleculares. · Escolha flexível de priores em parâmetros. · Qualquer parâmetro pode ser dado antes. Por exemplo, a idade da raiz da árvore pode receber uma exponencial antes de uma dada média. · Modelos coalescentes de tamanho e crescimento da população. · Vários modelos de crescimento da população coalescente podem ser usados. Atualmente, o tamanho constante e o crescimento exponencial estão disponíveis, mas mais serão adicionados em breve. Esses modelos basicamente atuam como Priors sobre as idades dos nós na árvore, mas os parâmetros (tamanho da população e taxa de crescimento) podem ser amostrados e estimados. · Modelos coalescentes multi-locus. · Dois genes não ligados podem receber o mesmo modelo populacional de população coalescente, mas um processo e uma árvore diferente de substituição, permitindo a produção de inferência coalescente multi-locus. · Modelos de relógio molecular de relógio local. · Permitir que diferentes revestimentos na árvore tenham taxas diferentes (ou de fato, processos de substituição completamente diferentes). O que há de novo nesta versão: Novas características: · Versões da GUI da Besta Mostrar uma caixa de diálogo para definir várias opções que estão disponíveis apenas por linha de comando. Correções de bugs: · Problema 55: O log de tela MCMC não funciona no momento. · Emissão 70: Beleza e partição em posições de códon · Emissão 72: Beauti deve limitar os parâmetros do modelo GTR · Emissão 122: Ctrl-A em Beauti -> Exceção · Emissão 127: Beauti painel anterior, prévio superior e inferior não mostra · Infinito · Emissão 128: Beauti: O crescimento logístico prévio da árvore não está disponível para · Calibração · Emissão 146: Beauti: Modelo de Covarion Binary · Edição 169: Edição do nome do arquivo STEM na Beauti faz com que a inserção · Aponte para pular para o fim · Emissão 173: Beauti: Parcialmente Link Exception · Emissão 181: Beauti: Precisa de aprimoramento para o comportamento padrão ao adicionar · Alinhamento adicional depois de desvincear tudo · Emissão 193: Diagnóstico de Convergência Melhorado: Computar tamanho efetivo de · Runs combinados concatenando as amostras · Emissão 194: Beauti: Exceção de configuração prévia ao alterar o valor · Emissão 199: Tracer mostra apenas a primeira entrada de arquivo de log quando múltiplos · As entradas têm o mesmo nome · Emitir 201: Edição de nome do arquivo STEM no painel MCMC faz com que ponto de inserção · Passar para acabar · Emissão 202: Build scripts produzindo aulas JDK 1.6 para que a distribuição falhe · Nas máquinas com JDK 1.5 · Emissão 203: Launch4J Bug Afetando o link do nucleotidelikelihoodcore.dll · Problema 204: Beauti: O tamanho constante anterior não está funcionando para a calibração do nó · Emitir 205: Informações de tittle desapareceram no console usando o Windows · Paramer para executar besta · Problema 209: Dose de patógeno não compilar · Emissão 211: Beauti: modelo de local de aminoácido XML está errado · Visual 212: Versão do Linux Beast: Precise Chmod 755 * · Problema 215: Alocações de memória padrão para embalagem de Mac são muito pequenas · Emissão 216: As alocações de memória padrão para embalagem Linux são muito pequenas · Emissão 217: Problemas com a embalagem do Mac OS X · Problema 218: Beastmain Opções de diálogo Dando erro "Valor de entrada ilegal · Deve ser entre 1 e 21474863647 " · Emitir 220: os scripts shell para lançar besta na linha de comando não podem lidar · Com espaços no caminho. · Emissão 221: Reforça os operadores do modelo de substituição em Beauti · Emissão 222: Nomeação de 'Treelikeliahood' quando apenas 1 partição · Emissão 223: Defina o nome do arquivo 'Análise do operador' como um atributo em · MCMC Element. · Problema 225: TreçoartitionCoalescente não é existente · Emissão 226: os analisadores em lançamento_parsers.properties precisam ser atualizados · Emissão 227: Fix BeastDoc para gerar Tag Doc para usuários da Besta · Emissão 229: Outra falha de teste de ensaio · Emissão 231: atrasar o início da medição de desempenho até depois · Avaliação completa. · Emissão 232: Mac (Windows?) Versão da Besta Fecha o console no erro · Problema 234: faça o erro "o posterior inicial é zero" um pouco · Mais amigável para depurar · Emissão 236: Dr.Evomodel.Operadores.TraitGibbSoperador é duplicado com · Parsers em Liberte_Parser.properties ou BeastParser.java · Emissão 237: Beauti: Taxon Set não lidando com partição multi-árvore · Emissão 238: nomeação de 'padrões' quando apenas 1 partição · Emissão 240: Beauti: USEambiguidades da Treelikeliaia deve ser padrão · Como verdade para binay covarion · Emitir 242: Beauti: Crie uma caixa de seleção para escolher USEAMBIGITIES · Treelikelivia para dados binários · Emissão 244: Urgente: Repartição prévia padrão · Emissão 247: Beauti: Errado XML em freqüências escolhendo binário empírico · Modelo de Covarion. · Emissão 248: Beauti Exception (* Beast) Ao ligar um pouco de mesma taxa para um · Modelo de árvore por dado taxas diferentes no total · Emissão 250: Beauti: blocos de alinhamento errados para multi-gene ao escolher · "Criar alinhamento vazio" · Emitir 253: Beauti Adicione uma caixa pop-up para verificar os priores padrão quando · Clique em Gerar arquivo Beast · Problema 254: Beauti Gerar o botão XML deve ser desativado após todos os dados · Partição removida · Problema 255: Desativar avisos de parser por padrão para versão lançada · Emitir 256: Beauti: Adicionar comentário no XML "Skyride.logpopsize é a unidade de log · Ao contrário de outro popsize " · Emissão 257: Beauti: dados binários e múltiplas partições não geram · O sitemodel corretamente · Emissão 259: Beauti: problema do painel Mac OS MCMC · Emissão 260: Beauti: inglês correto · Problema 261: Elemento de análise de erros com ID NULL · Emissão 262: Errado XML de testcataclysmcoalescent.xml · Emissão 264: Importegepção: erro de formato número para

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