APBS. Software para avaliar as propriedades eletrostáticas dos sistemas biomoleculares nanoescala
Baixe Agora

APBS. Classificação e resumo

APBS. Tag

Avalie avaliador Interação eletrostática eletrostático

APBS. Descrição

Software para avaliar as propriedades eletrostáticas dos sistemas biomoleculares nanoescala A APBS é um pacote de software para a solução numérica da equação de Poisson-Boltzmann (PBE), um dos modelos de continuidade mais populares para descrever as interações eletrostáticas entre os solutos moleculares no objetivo salgado e aquoso da Media.Apbs é avaliar com eficiência as propriedades eletrostáticas para essas simulações. Em uma ampla gama de escalas de comprimento, a fim de tornar possível a investigação de moléculas com dezenas de milhões de átomos.continuum eletrostática desempenha um papel importante em diversas áreas de simulação biomolecular, incluindo: - Simulação de processos difusivos para determinar a proteína de ligando e proteína Cinética de ligao, - dinâmica molecular de solvente implícita de biomoléculas, - solvação e cálculos de energia vinculativos para determinar as constantes de ligação de proteína e proteína-proteína e proteína e ajuda no design de medicamentos racionais, e estudos de titulação biomolecular. APBS é licenciada e distribuído nos termos da licença BSD e licença do MIT. O que há de novo nesta versão: NOVAS CARACTERÍSTICAS: · Moved APBS Guia do usuário e tutorial para MediaWiki · Adicionado em suporte para OpenMPI para cálculos paralelos · Adicionado no suporte à linha de comando para submissões de emprego opal (Código por Samir Uni) · Permitido o nome do caminho que contém espaços no arquivo de entrada, desde que todo o nome do caminho esteja em cotações ("") · Documentado 'fazer teste' e recursos relacionados Modificações: · Modificou a função BCCALC para março através da matriz de dados linearmente ao definir condições de limite. Isso remove a duplicação de pontos de grade na borda da matriz e cantos. · Documentação clarificada sobre os IDs atribuídos a mapas de entrada, PQRs, arquivos de parâmetros, etc. · Tutorial atualizado para avisar contra espaços no caminho do diretório de trabalho da APBS no VMD; Guia do usuário atualizado para avisar contra espaços no caminho de instalação da APBS no Windows · 'Fazer teste' foi reconfigurado para ser executado antes da emissão de instalação (pode ser executado do topo do diretório) · Ferramentas removidas / Visualização / VMD do diretório de ferramentas em vez de suporte integrado na VMD · Comprimentos de caminho agora podem ser maiores que 80 caracteres · Lista de autoria expandida · Adicionado em 'Take Test-Opal' como um teste de instalação do post (Executar no diretório de instalação dos exemplos) · Adicionado concentrações adicionais ao caso de teste de proteína-RNA para melhor abranger as condições experimentais usadas por Garcia-Garcia e Draper; Isso melhora o acordo com os dados publicados Correções de bugs: · Typos fixos no guia do usuário (palavra-chave iônica) e uso de palavras-chave do SMPBE esclarecido · Typo fixo no guia do usuário (WriteMat: Poission -> Poisson) · Atualizado psize.py com o patch de Robert para corrigir atribuição inconsistente de números de grade fina em alguns (muito) casos raros · Bug fixo com atribuição de condição limite. Isso poderia afetar potencialmente todos os cálculos; No entanto, provavelmente tem impacto limitado: muitos casos de teste deram resultados idênticos após a correção de bugs; A maior mudança de valor foi <0,07%.

APBS. Software Relacionado