 | uva.recipe.pipeline.Configure um pipeline de uva em uma etapa simples |
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uva.recipe.pipeline. Classificação e resumo
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uva.recipe.pipeline. Tag
uva.recipe.pipeline. Descrição
uva.recipe.pipeline é um módulo python que prepara tudo o que é necessário para executar oleelines de uva para que você não tenha que escrever qualquer opção de linha de comando. Motivationhere no crgr, nós configuramos todos os nossos pipeline de rnaseq é executado em um lugar central antes de executar os oleodutos. Uma vez que todos os acessos e perfis de pipeline foram definidos e as peças de compilação foram criadas, começamos e os executamos. Quando recebemos arquivos Fastq ou Bam para um projeto, normalmente temos que: 1. Defina os acessos e perfis em uva.Buildout / acessões / myproject / db.cfg Grape.Buildout / perfis / myproject / db.cfg2. Crie uma pasta de projeto de pipeline em uva.Buildout / pipelines / myproject3. Configure o buildout na uva.Buildout / pipelines / myproject / buildout.cfg4. Execute o buildout em uva.Buildout / pipelines / myproject5. Execute os primeiros pipelines em uva.Buildout / pipelines / myproject / peças / * / usando essa abordagem, nós podemos lotes executar qualquer número de oleodutos e nunca ter que pensar sobre as opções da linha de comando.InstallationThe o pacote da grama.recipe.pipeline já está instalado Por Grape.pipeline, então você não precisa fazer isso. Se você quiser instalá-lo como parte de um buildout, você teria que adicionar esta configuração ao buildout :: peças = uva.recipe.pipeline ovos = uva.recipe.pipeline Recipe = hexagonit.recipe.download url = http://big.crg.cat/~mroder/grape/grape.recipe.pipeline-1.1.tar.gz md5sum = 5BD87D4D56A61B019CC854F03CCC854F040F1D6D Destino = SRC / Grape.Recipe.Pipeline Strip-Top-Level-Dir = True Hash-Name = Falsethen Você pode usar esta receita como esta :: peças = testrun ... configuração de pipeline omitido para brevidade ... Recipe = Grape.Recipe.Pipeline Accession = Testrun1Configurationhere É um exemplo completo de como os gasodelinos estão configurados, t aken do projeto de teste em uva.buildout.first nós definimos uma adesão em adesão / teste / db.cfg :: espécie = homo sapiens readtype = 2x76 célula = nhek rnaextract = Longpolya localização = replicação de células = 1 qualidades = solexa tipo = fastq file_location = $ {buildout: diretório} /src/testdata/testa.r2.fastq.gz $ {buildout: diretório} /src/testdata/testa.r1.fastq.gz $ {buildout: diretório} / src / testdata / testB.r2.fastq.gz $ {buildout: diretório} /src/testdata/testB.r1.fastq.gz amostra = Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testA.2 Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testA.1 Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testB.2 Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testB.1 mate_id = testA.2 testA.1 TestB .2 TESTB.1 par_id = Testa Testa Testb Testb Label = Teste Test Test Test Type = FastqThen Precisamos definir peças de execução de pipeline e em perfis / myproject / db.cfg :: peças = Testrun modelo = $ { Buildout: Directory} /src/pipeline/template3.0.txt projectId = Test DB = test_rnaseqpipeline comlndb = test_rna seqpipelinecommon threads = 8 mapper = gem mismatches = 2 cluster = mem_6 anotação = $ {buildout: diretório} /src/testdata/h.sapiens.ensembl.55.test.gtf genomeseq = $ {buildout: diretório} / src / testdata / H.Sapiens.genome.hg19.test.fa Recipe = Grape.Recipe.Pipeline Acession = TestrunThe Pipelines / Teste / Buildout.cfg Parece que este :: estende-se = ../dependencies.cfg ../ ../accessions/test/db.cfg ../../profiles/test/db.cfgthere são ponteiros para a adesão e o perfil. O arquivo de dependências cuida de instalar todas as dependências, como sobreposição, fluxo, gema e pipeline. Também instala o Grape.Recipe.pipeline, como descrito na página inicial de instalação acima.
uva.recipe.pipeline. Software Relacionado
