Semeador Descoberta de motivo em seqüências de DNA
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Módulo Perl. perl sequências DNA. As sequências de ADN

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Descoberta de motivo em seqüências de DNA A semeadora é um módulo Perl, uma classe base e não se destina a ser instanciada.seeder é uma estrutura para a descoberta do Motif de DNA. Ele é projetado para previsão eficiente e confiável de motivos regulatórios em promotores eucarióticos. Para gerar motivos de DNA, você precisa de um conjunto positivo de sequências de DNA no formato FASTA (acredite para conter um elemento regulatório similar) e um conjunto de fundo de seqüências de DNA no formato FASTA. Para descobrir motivos em seqüências de DNA, siga esta sequência : (1) A geração do índice (esta estrutura melhora o desempenho do cálculo HD). Restringir a largura das sementes para entre 6 e 8. Use semeer :: Índice; Meu Índice $ Indeter = Seeder :: index-> New (Seed_Width => "6", Out_File => "6.Index",); $ index-> get_index; (2) geração das distribuições de fundo. Use semeer :: fundo; Meus $ background = sementeer :: background-> NOVO (SEED_WIDTH => "6", Strand => "Revom", HD_INDEX_FILE => "6.Index", seq_file => "seqs.faste", out_file => "seqs. bkgd ",); $ background-> get_background; (3) descoberta do motivo. Use semeer :: Finder; Meu $ Finder = Seeder :: Finder-> New (Seed_Width => "6", Strand => "Revom", Motif_Width => "12", n_motif => "1", hd_index_file => "6.index", seq_file => "prom.fastefaste", bkgd_file => "seqs.bkgd", out_file => "prom.finder",); $ finder-> find_motifs; Requisitos: · Perl.

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