Segm. Programa Segm para segmentação das imagens do sr.
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Segm. Classificação e resumo

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Segm. Descrição

Programa Segm para a segmentação de imagens do cérebro do cérebro. Programa Segm para a segmentação das imagens do MR do cérebro.Segm é um conjunto de ferramentas de análise de imagem desenvolvidas e usadas pelo laboratório de comportamento cerebral da Universidade da Pensilvânia. Consiste em um conjunto de programas (Brainmask, KMEAN_3DSEG e ADPKMEAN_3DSEG_EBETA) Originalmente desenvolvido por Michelle Yan para uso com protocolos específicos do Sr. Imaging usado no laboratório de comportamento cerebral. Eles são destinados à análise quantitativa de imagens de volume de ressonância magnética do cérebro humano, e particularmente para segmentação automática em tipos de tecidos. Embora esses programas se mostraram muito eficazes para os protocolos específicos do senhor deputado, foram projetados, eles não se mostraram adaptáveis a outros protocolos de imagem. Assim, enquanto eles continuam sendo fortemente usados na BBL para análise de imagem, eles não são recomendados para novas aplicações. Não antecipamos a realização de outras alterações no SEGM, exceto talvez para consertar insetos incapacitantes ou para suportar o intercâmbio de dados com programas mais recentes e mais portáteis.bblimage é o novo kit de ferramentas da BBL para a imagem do MR e pode ser de interesse para os usuários do SEGM; É, em qualquer caso, muitas vezes preferível ao Segm para novos aplicativos.Imagens Os arquivos são sempre lidos e escritos em ordem de grande endian, independentemente da arquitetura nativa; Isso foi feito porque a maioria ou todos os arquivos de imagem na BBL foram gerados e armazenados na estação de trabalho do SPARC, e parecia mais fácil ter programas em todos os outros platforms ler e escrever este formato do que estar constantemente convertendo arquivos de dados. A instalação: Segm foi com sucesso compilado e correr sob Red Hat Linux 6.2 para Intel e Solaris 2.7 para SPARC. (A versão atual requer o compilador GCC, principalmente porque não tivemos tempo para descobrir exatamente como compilar a biblioteca compartilhada sob o compilador CC do Sun.) Estaremos interessados em ouvir sobre outros sucessos ou fracassos, e muito interessados em receber Corrigidas que produzirão sucesso em outras máquinas e sistemas operacionais. Se você estiver instalando tanto BBLIMAGE e SEGM, você deve instalar o Segm primeiro, então Bblimage; Existem alguns arquivos instalados que são compartilhados entre esses dois pacotes e a BBLIMAGE é mais provável de ter a versão mais recente. As etapas a seguir geralmente serão suficientes: 1. Desembale o arquivo TAR e o CD na árvore de origem.2. Execute "./configure" para adivinhar os parâmetros certos para a sua máquina. Por padrão, "fazer a instalação" instalará os arquivos do pacote em `/ usr / local / bin ',` / usr / local / homem', e `/ usr / usr / local / lib '. Você pode especificar um prefixo de instalação diferente de '/ usr / local' dando `configure 'a opção` --prefix = path'. Por exemplo, use ./configure --prefix = / home / hughettto Instale os programas em / Home / Hughett / Bin, as páginas do homem em / Hughett / Hughett / Man e a biblioteca compartilhada em / home / huathett / lib / 3 . Execute "fazer" para compilar e ligá-lo. Se você é um programador, execute "fazer tags" para criar o arquivo de tags para Emacs; Se você é um VI Partisan, faça a mudança óbvia para o makefile primeiro.5. Como root, execute "Make Install" para instalar todos os binários executáveis e páginas do homem, tipicamente em / usr / local / bin e / usr / local / homem. (O prefixo macro nos controles do makefile em que os arquivos são instalados; você pode querer olhar para isso para garantir que a configuração tenha adivinhado corretamente.) 6. Você também pode precisar modificar os caminhos de pesquisa para binários e páginas do homem (geralmente caminho e manpath) .7. A biblioteca compartilhada libsegm.so é instalada em $ prefix / lib; Talvez seja necessário adicionar este diretório ao caminho de pesquisa (geralmente ld_library_path) para bibliotecas compartilhadas.

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