Mindy. Mindy é um programa mínimo de dinâmica molecular.
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Mindy. Classificação e resumo

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Programa dinâmica Programa Dynamics. Mindy

Mindy. Descrição

Mindy é um programa mínimo de dinâmica molecular. Mindy é um programa muito simples e molecular serial dinâmico derivado do código-fonte Namd. Atualmente, usa o parâmetro Xplor e os arquivos de estrutura. O programa é escrito em C ++ muito simples. Instalaçãounpack a distribuição. Um diretório chamado "Mindy" será criado. No diretório mindy são dois subdiretórios, "SRC" e "teste". O diretório "SRC" contém o código-fonte e um makefile para construir mindy.typing "fazer" dentro do diretório SRC Shoud construir Mindy usando G ++. Se você gostaria de construir Mindy usando um compilador diferente ou bandeiras de compilador diferentes, use um dos alvos de compilação no makefile ou adicione um novo. O executável é chamado Mindy_ $ Arch, onde o arco é a plataforma. Por padrão, isso é "g ++". Usando a sintaxe da linha de comando para Mindy é: Mindy NSTEPS PDBFile PDBFile ParamFilenStops Especifica quantos timesteps são necessários. PDBFile e PSFile são os arquivos de coordenadas e estruturas, respectivamente, do sistema que você deseja simular. paramfile é o nome do seu arquivo de parâmetro. Tanto o arquivo PSF quanto o parâmetro devem estar no formato X-PLOR. O diretório de teste contém dois conjuntos de arquivos que podem ser usados como entradas para Mindy. "Alanin" é um polipéptido de 66 atômetros e "BRH" é uma estrutura de cristal de bacteriorropópsia contendo 3762 átomos. Execute Alanin digitando Mindy 1000 Alanin.PDB Alanin.PSF Alanin.ParamSat a linha de comando.

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