Lfpy. Um módulo para modelar potenciais de campo locais construídos no neurônio
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Lfpy. Classificação e resumo

Lfpy. Tag

Biblioteca Python. Pitão NEURON

Lfpy. Descrição

O Lfpy é um módulo Python para o cálculo de potenciais extracelulares de modelos de neurônios multicomprodiais.Ele depende do simulador neurônio (http://www.neuron.yale.edu/neuron) e usa a interface Python (http: //www.frontiersin. Org / neuroinformatics / 10.338 /neuro.11.001.2009/Abstract) O fornece.lfpy fornece um conjunto de classes de python fáceis de usar para configurar seu modelo, executando suas simulações e calcular os potenciais extracelulares decorrentes da atividade em seu neurônio modelo . Se você tem um modelo que trabalha no neurônio, é provável que ele possa ser adaptado para trabalhar com Lfpy. Os potenciais extracelulares são calculados a partir de correntes de transmembrão em modelos de neurônios multi-compartimentos usando o método de origem de linha (Holt e Koch, J Comp Neurosci 1999), mas um método de origem simples também está disponível. Os cálculos assumem que o neurônio é cercado por um meio extracelular infinito com condutividade independente homogênea e de frequência, e compartimentos são assumidos pelo menos a uma distância mínima do eletrodo (que pode ser especificado pelo usuário). Para mais informações sobre a biofísica subjacente ao quadro numérico usado ver este capítulo do próximo livro: - K.H. Pettersen, H. Linden, A.M. Dale e G.T. Einevoll: Spikes extracelulares e densidade de fonte de corrente, em * manual da medição da atividade neural *, editada por R. Brette e A. Destexhe, Cambridge, para parecer pré-impressão PDF.in A versão atual é projetada principalmente para simulação de neurônios únicos. Lfpy foi desenvolvido no grupo de neurociência computacional (http://compneuro.umb.no), Departamento de Ciências Matemáticas e Tecnologia, na Universidade Norueguesa de Ciências da Vida (http://www.umb.no), em colaboração com o Laboratório de neuroinformática (http://www.nencki.gov.pl/en/laboratory-of-neuroinformatics), Instituto de Nccki de Biologia Experimental (http://www.nencki.gov.pl), Varsóvia, Polônia. O esforço foi apoiado por uma instalação internacional de coordenação neuroinformática (http://incf.org) e o Conselho de Pesquisa da Noruega (http://www.forskningsradet.no/english) (Escience, Nevronor). Para informações atualizadas sobre a Lfpy e Documentação on-line, consulte a página inicial Lfpy (http://compneuro.umb.no/lfpy).Este software científico é lançado sob a Licença Pública GNU GPLV3.InstallationThere Existem diferentes maneiras de instalar o Lfpy: 1. Do índice Python Package com apenas acesso local usando PIP PIP Install --User Lfpy como sudoer: sudo pip instalar lfpy2. Do índice de pacotes Python com apenas acesso local usando Easy_Install Easy_install --User Lfpy como sudoer: sudo easy_install lfpy3. From Fonte: tar -Xzf lfpy-x.x.tar.gz cd lfpy-x.x (sudo) python setup.py install (--user) página inicial do produto

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