metaseq. Framework para análise integrada e plotagem de dados chip / rip / rNA / * - SEQ
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metaseq. Classificação e resumo

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Biblioteca Python. Pitão analisador de dados rasgar lasca plotter de dados.

metaseq. Descrição

O MetaseQ é uma estrutura de python que facilita o trabalho com uma combinação de chip-seq, RNA-SEQ ou qualquer outra coisa - seq.example use-cases: - Matrix Plots: gerar uma matriz MXN (por exemplo, m = genes e n = Caixas, TSS +/- 1KB) mostrando o sinal de chip-seq de genes regulados acima de um experimento RNA-SEQ em comparação com o suporte de genes regulamentados para baixo para processamento paralelo, o número real é um equilíbrio entre a velocidade do disco rígido e o número de núcleos. O sinal é calculado diretamente a partir dos arquivos de IP e Bam de Entrada, e o dimensionamento para o tamanho da biblioteca normaliza os dados, já que o resultado é um array numpy, é trivial, digamos, classificar por expressão gênica ou para levar médias de coluna .- Genes de cluster baseados em A distribuição espacial de picos chip-seq em torno de seus TSSs. Uma matriz pode ser gerada usando a mesma interface que para os arquivos de BAM, usando um arquivo de cama ou bigbed, resultando novamente em uma matriz numpy para análise mais aprofundada - Scatter plot de resultados do deseq (Basemeana vs Basemeanb) onde os pontos são coloridos de acordo com o número de picos de chips no gene usando funções de retorno de chamada em MatPlotlib, clicando em um ponto pode imprimir informações do gene, ou pode até abrir uma janela mostrando uma visão mini genoma-browser desses gráficos de genes de onde os picos caem dentro de genes anotados - TSS , Poly-A Site, Intron, Exon, Etegnante possível, as entradas são formatos padrão - cama, gff, gtf, bam, sam, resultados deseq como salvas de R, ou mesmo arquivos de dados delimitados por tabulação arbitrária que possuem um cabeçalho. Se você aproveitar o tempo para converter em Bigwig ou Bigbed, o desempenho será melhoradoTaseq significa os ombros de um grande corpo de pacotes de python existentes para fornecer uma estrutura flexível, intuitiva e poderosa. Esses pacotes incluem: - PYSAM para análise de arquivos Bam-BX-Python para acesso a Bigwig e Bigbed Files - Matplotlib para plotagem rápida, interativa e extremamente flexível para matrizes rápidas- Scikits.Arn para cluster (especificamente, o minibanche k- significa implementação) - Pybedtools, uma interface para a suíte Bedtools, para poder poderoso e poderoso "genoma álgebra" e manipulação de nível de recursos - gffutils, uma estrutura de banco de dados leve para navegar na hierarquia de anotações genéticas (Exon -> Transcript -> gene) em Um formato portátil - citnão para implementar código de computação computacionalmente em Cin além de fornecer a "cola" entre esses vários pacotes, o MetaseQ também fornece código de binning escrito em citnon e ajudantes para paralelizar o acesso a dados.

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